◆ Jmolで見るトピックス分子(25-2) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
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601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-10601061-10701071-10801081-10901091-1100
1101-11101111-11201121-11301131-11401141-11501151-11601161-11701171-11801181-11901191-1200
1201-1210
Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. ウイルスのスパイクタンパク質でウミホタルの発光基質が発光 −新型コロナウイルスの検知の新手法として有望−(産総研,2024/01/17)

    ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin)
    Vargulin - Wikipedia
    ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin)
    ※以下参考
    ホタルルシフェリン(firefly luciferin)
    6vsb(SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質;変異なし) 同Chain B  L546・D571・P589・F592・S975・N978空間充填/α炭素ラベル表示(ACS Central Science誌論文Figure S7b 参照


    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
       
    背景・黒 灰 白 

      
    ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin)とホタルルシフェリン(firefly luciferin)

      
    [左]SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質構造例6vsb
    [右]同Chain B;L546・D571・P589・F592・S975・N978空間充填表示(ACS Central Science誌論文Figure S7b 参照)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. Discovery of Potent, Orally Bioavailable, Tricyclic NLRP3 Inhibitors(Journal of Medicinal Chemistry,2024/01/04) ※2024/01/17公開データ8ri2(下掲;リガンド記号が3文字から5文字に)

    NP3-562が結合したNLRP3 8ri2
    NLRP3 - Wikipedia
    8ri2(NP3-562が結合したNLRP3;PDBフォーマット - PDBx/mmCIF 変換サービス(PDBj)でcif→pdb変換) 同PDBsumデータ8ri2_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]NP3-562が結合したNLRP3 8ri2(cif→pdb変換)と同PDBsumデータ
    [右]PDBリガンドIDが5文字の例A1H02


  3. 龍涎香の主成分アンブレインにビタミンD受容体結合能があることを解明 〜薬剤等への利用に期待〜(大阪公立大学,2024/01/25)

    アンブレイン(ambrein)
    Ambrein - Wikipedia
    アンブレイン(ambrein)
    ※参考(Scientific Reports誌論文に掲載のPDBデータ例:1db1(1,25-ジヒドロキシビタミンD3が結合したビタミンD受容体) 同PDBsumデータ1db1_VDX$


    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    アンブレイン(ambrein)


    1,25-ジヒドロキシビタミンD3が結合したビタミンD受容体1db1とそのPDBsumデータ


  4. 新刊:元村有希子,「科学目線 上から下からナナメから」,毎日新聞社(2024) ※一部化合物等の分子モデルを以下に。

    初期表示はネペタラクトール
    p.32・46・206ほか DNA:1d66のChain D・E(DNAの部分構造例) | A-Tx2_G-Cx2 A-T_G-C(mol形式) → DNAとRNAのいろいろな姿
    p.44 ネペタラクトール:cis-trans-ネペタラクトール(cis-trans-nepetalactol) → 別トピック
    p.59・150 アンモニア:アンモニア(ammmonia) → 悪臭の正体
    p.64ほか 二酸化炭素:二酸化炭素(carbon dioxide)
    p.118 トウガラシを「辛い!」と感じる時に働くたんぱく質:5is0(トウガラシ辛み成分カプサイシン類似体のカプサゼピン〈capsazepine〉が結合したカプサイシン受容体TRPV1;2021年ノーベル生理学医学賞受賞のJuliusらによる) 同PDBsmデータ5is0_6ET$カプサイシン(capsaicin;トウガラシ辛み成分) → 別トピック(2021年ノーベル生理学医学賞)
    p.151 チクロンB(ツィクロンB):シアン化水素(hydrogen cyanide;チクロンB〈ツィクロンB〉の主成分)
    p.187 オキシトシン:オキシトシン(oxytocin) → オキシトシン

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 DNA/RNA(ATGCUbackbone) リガンド選択 (*印のみ)
    GADV仮説4アミノ酸(Val・Ala・Gly・Asp)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    左から cis-trans-ネペタラクトール(cis-trans-nepetalactol),シアン化水素(hydrogen cyanide),オキシトシン(oxytocin)

      
    [左・中]トウガラシ辛み成分カプサイシン類似体のカプサゼピン(capsazepine)が結合したカプサイシン受容体TRPV1 5is0と同PDBsumデータ
    2021年ノーベル生理学医学賞受賞のJuliusらによる
    [右]カプサイシン(capsaicin) → 辛さと熱さ/カプサイシン


    ハーバー・ボッシュ法(アンモニアの生成)


  5. 帯状疱疹の疼痛にホスフェニトイン有効(時事メディカル,2024/01/30)

    ホスフェニトイン(fosphenytoin)
    Fosphenytoin - Wikipedia
    ホスフェニトイン(fosphenytoin)
    1vzv(水痘帯状疱疹ウイルスのプロテアーゼ) His52・Lys54・Ser120・His139(PNAS論文Figure 4のVZV該当4残基)空間充填/α炭素ラベル表示 [Varicella zoster virus - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ホスフェニトイン(fosphenytoin)
    [右]水痘帯状疱疹ウイルス(VZV)のプロテアーゼ1vzv;球表示のHis52・Lys54・Ser120・His139はPNAS論文Figure 4のVZV該当4残基(触媒部分と目される)


  6. Transport and inhibition mechanisms of human VMAT2(Nature,2023/12/11) ※2023/11/29公開データ8jsw・8jtc(下掲)・8jta・8jt9

    レセルピンが結合した神経伝達物質輸送体の小胞モノアミントランスポーター2(VMAT2)8jtc
    Vesicular monoamine transporter 2 - WikipediaReserpine - Wikipedia
    8jtc(レセルピンが結合した神経伝達物質輸送体の小胞モノアミントランスポーター2〈VMAT2〉) 同PDBsumデータ8jtc_YHR$レセルピン(reserpine)
    8wvgのChain A(テトラベナジン〈tetrabenazine〉が結合した小胞モノアミントランスポーター2〈VMAT2〉) 同PDBsumデータ8wvg_XEQ$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]レセルピンが結合した神経伝達物質輸送体の小胞モノアミントランスポーター2(VMAT2)8jtcとそのPDBsumデータ
    [右]レセルピン(reserpine)


    テトラベナジン(tetrabenazine)が結合した小胞モノアミントランスポーター2(VMAT2)8wvgのChain AとPDBsumデータ


  7. 今月の分子 291:ヒアルロニダーゼ(Hyaluronidases)(PDBj,2024/03)Molecule of the Month(PDB)

    ヒアルロニダーゼ-1 2pe4
    Hyaluronidase - Wikipedia
    2pe4(ヒアルロニダーゼ-1)
    1fcv(ヒアルロニダーゼ;ハチ毒のアレルゲン) 同PDBsumデータ1fcv_GCU-NAG-GCU-NAG-GCU$
    ヒアルロン酸(hyaluronic acid)
    ※参考(ヒアルロン酸PDBデータ例):3hyaヒアルロン酸 8量体

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]ハチ毒のヒアルロニダーゼ1fcvとそのPDBsumデータ → Structure誌論文(2000/10/01)
    [右]ヒアルロン酸(hyaluronic acid,繰り返し単位)


  8. Antiviral drug recognition and elevator-type transport motions of CNT3(Nature Chemical Biology,2024/02/28) ※2024/03/13公開8tz1(下掲)・8tz2・8tz3・8tz4・8tz5・8tz6・8tz7・8tz8・8tz9・8tza・8tzd

    濃縮型ヌクレオシドトランスポーター3(CNT3)8tz1のChain A
    8tz1のChain A(濃縮型ヌクレオシドトランスポーター3〈CNT3〉) RBV(リバビリン)選択 同PDBsumデータ8tz1_lp$
    リバビリン(ribavirin)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]濃縮型ヌクレオシドトランスポーター3(CNT3)8tz1のChain AとそのPDBsumデータ [右]リバビリン(ribavirin)


  9. Substrate and drug recognition mechanisms of SLC19A3(Cell Research,2024/03/19) [NEW!] ※2024/03/27公開8xv2・8xv5・8xv9(下掲)

    フェドラチニブ(fedratinib)が結合したSLC19A3 8xv9
    Aryl hydrocarbon receptor - WikipediaThiamine transporter 2 - WikipediaAryl hydrocarbon receptor - WikipediaFedratinib - Wikipedia
    8xv9(フェドラチニブ〈fedratinib〉が結合したSLC19A3) 同PDBsumデータ8xv9_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    フェドラチニブ(fedratinib)が結合したSLC19A3 8xv9とそのPDBsumデータ


  10. 紅麹問題に進展。混入物質を「プベルル酸」と特定か!?(Chem-Station,2024/03/29) [NEW!]

    プベルル酸(puberulic acid)
    プベルル酸(puberulic acid)
    ※以下参考
    プベルル酸類似構造分子例:ヒノキチオール(hinokitiol)
    紅麹米から見出されている腎臓毒:シトリニン(citrinin) [Citrinin - Wikipedia
    紅麹の色素例:アンカフラビン(ankaflavin)

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 

          
    左から プベルル酸(puberulic acid),ヒノキチオール(hinokitiol),シトリニン(citrinin),アンカフラビン(ankaflavin)


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」