ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。


DNAとアメナメビル(amenamevir)が結合した単純ヘルペスウイルス由来HPC(ヘリケース・プライメース複合体)の構造9ut1のChain A・B・DとPDBsumデータ

ダラクソンラシブ(daraxonrasib)が結合したGTPアーゼNRas・ペプチジルプロリルイソメラーゼAの
表 いろいろなウイルス(DNAウイルスとRNAウイルス)
高遠 頼さん(@takatoh_life)作成動画
複合体9bg0のChain A・D(cif→pdb変換)
[Daraxonrasib - Wikipedia]

ダラクソンラシブ(daraxonrasib)

ダラクソンラシブ(daraxonrasib)が結合したGTPアーゼNRas・ペプチジルプロリルイソメラーゼAの
複合体9bg0のChain A・DとPDBsumデータ
I = 204, O = 420, I/O = 0.486

コラカノールA(coracanols A)
[Remdesivir - Wikipedia]

分子科学研究所配布ポスター | 分子ポスターダウンロードページ

[左]有機概念図のI/O値順に並べたアミノ酸(有機概念図簡易計算機,Log Pをポケットに!参照)
[右]DNAの4種類の塩基と二重らせん構造模型例(川上モデル)

左から ポリエチレン部分構造例,
MOF構造例(MOF-5;Interactive 3D Chemistry Animations - ChemTube3D掲載データ例),
メタン,アンモニア,水,
氷の部分構造例(ポスター最下段“水分子のようす”関連)

左から エタノール,エタノールほかアルコール類,
糖鎖に含まれる単糖例9種類同時表示,
フラーレンC60ほか炭素の同素体の例

[左]リン脂質ほか代表的な生体分子
[中]生物界で見られる4種類のテトラピロール
[左]テストステロンと17β-エストラジオールの同時表示

[左]レムデシブル三リン酸
[中]SARS-CoV-2のNSP12・NSP7・NSP8の複合体(レムデシビル一リン酸体結合) 7bv2
[右]同PDBsumデータ(二リン酸遊離)


アシネトバクター・バウマニのCo-Pcを捕捉した人工HphA 9us7とPDBsumデータ

DNA組換え酵素Bxb1複合体の中間体2 9iu7のChain A・Cと4本の結合DNA
I = 470, O = 620, I/O = 0.758
[Alectinib - Wikipedia]


左から アレクチニブ(alectinib),
同分子結合タンパク質例SRPK1 5xv7とPDBsumデータ
[Bcl-xL - Wikipedia]


WEHI-539 core 1が結合したBcl-xL 9i9eのChain AとPDBsumデータ


赤錐体のロドプシン(Q114N変異体)9upmとPDBsumデータ
※左図でM224・C228・L232は第2の横穴(C278・W281・G282・A285・A285は座標データ欠落)

ハンタウイルスのエンベロープ糖タンパク質6zjm
※同データのCell誌論文(2020/10/15)
◎以下を編集:吉開泰信 編,「ウイルス・細菌と感染症がわかる」,p.37,羊土社(2004)
( )は新興感染症の出現年:竹田美文・岡部信彦,「SARSは何を警告しているのか」,岩波ブックレット(2003)
SARS-CoV-2ほかを加筆;なお以下の分類等は変更になっている場合もある
# 最近のICTVレポートでは,ヘパドナウイルス科とレトロウイルス科は,『逆転写を行うDNAおよびRNAウイルス』として同じカテゴリに分類されている。
分類
例
主なDNAウイルス
ポックスウイルス科
エムポックス〈mpox,サル痘〉(1970) → 別トピック
ヘルペスウイルス科
※鯉ヘルペス
アデノウイルス科
パピローマウイルス科
(ポリオーマウイルス科も酷似)子宮頸がん;ヒトパピローマウイルス〈HPV〉による → 別トピック
ヘパドナウイルス科 #
B型肝炎
パポバウイルス科
主なRNAウイルス
パラミクソウイルス科
麻疹,ニパウイルスによる脳炎(1998)
オルトミクソウイルス科
(オルソミクソウイルス科)インフルエンザ → 鳥インフルエンザ(高病原性H5N1型は1959年)&新型インフルエンザ情報
コロナウイルス科
SARS(2002) → SARSと抗ウイルス薬
SARS-CoV-2(2019) → 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報
アレナウイルス科
ラッサ熱
レトロウイルス科 #
〈逆転写,レンチウイルス属〉AIDS(1983) → HIVとエイズ
〈一本鎖,デルタレトロウイルス属〉HTLV-1関連症候群(1980) → HTLV-1情報
フィロウイルス科
エボラ出血熱(1977) → 2014年にエボラ出血熱感染拡大
レオウイルス科
ロタ
ピコルナウイルス科
ポリオ,A型肝炎
カリシウイルス科
ノロ
ラブドウイルス科
狂犬病 → 別トピック
フラビウイルス科
(トガウイルス科も酷似)日本脳炎,ウエストナイル熱,デング熱,ジカウイルス感染症,
C型肝炎(1989) → 別トピック〈B型肝炎記事含む〉
※豚コレラ
ブニヤウイルス科
※参考:デビッド・クアメン 著・甘糟智子 訳,「スピルオーバー ウイルスはなぜ動物からヒトへ飛び移るのか」,明石書店(2021)
※参考:ウイルス図鑑,ウイルスの分類 - Wikipedia