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- 細菌の薬剤耐性（bacterial drug resistance）： 抗生物質・抗菌剤／耐性菌／院内感染 ｜ 抗生物質データ集メニュー
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6j4y（DNA/RNAが結合したRNAポリメラーゼ） → Science誌論文 ［RNA polymerase - Wikipedia］ 3j2u（キネシン様タンパク質Klp10Aが結合したチューブリンのヘテロ2量体；部分構造） → Cell Reports誌論文 ｜ 別トピック バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
DNA/RNAが結合したRNAポリメラーゼ6j4y
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- Structural comparisons of phosphoenolpyruvate carboxykinases reveal the evolutionary trajectories of these phosphodiester energy conversion enzymes（Journal of Biological Chemistry，2019/12/13）
- ATP - 光合成事典 - 日本光合成学会 ｜ ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ
- 二リン酸 - Wikipedia ｜ ギルテリチニブ
［Phosphoenolpyruvate carboxykinase - Wikipedia，Pyrophosphoric acid - Wikipedia］
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6k31のChain A（PPi型ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ） ピロリン酸（pyrophosphoric acid） ｜ アデノシン三リン酸（ATP） → 生体分子の構成元素 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］PPi型ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ6k31のChain A ［右］ピロリン酸（PPi）と“現在のエネルギー通貨”ATP
- Structural Insights into Electrophile Irritant Sensing by the Human TRPA1 Channel（Neuron，2019/12/19）
- TEAM MAPS THE ‘WASABI SENSOR’（Futurity: Research News，2020/01/06）
- CRYO-ELECTRON MICROSCOPE CAPTURES DETAILS OF THE ‘WASABI SENSOR’（Duke Today，2019/12/19）
- TRPA1構造の別研究
- A TRPA1 inhibitor suppresses neurogenic inflammation and airway contraction for asthma treatment（Journal of Experimental Medicine，2021/02/23） ※2021/02/07公開6wj5（下掲）
- RCSB PDB 2022/06/22新規公開データより：7or0 Cryo-EM structure of the human TRPA1 ion channel in complex with the antagonist 3-60, conformation 2 ※他に7or1公開
- TRPV関連研究例
- TRPV2・TRPV5：Molecular details of ruthenium red pore block in TRPV channels（EMBO Report，2024/01/15） ※2024/02/07公開TRPV2の8ffl・8ffm（下掲）とTRPV5の8ffn・8ffq
- TRPV2：Molecular details of ruthenium red pore block in TRPV channels（Nature Communications，2022/04/28） ※2022/05/04公開TRPV2の7n0m・7n0n・7t37（下掲）・7t38
- TRPV2：Structural insights into TRPV2 modulation by probenecid（Nature Structural & Molecular Biology，2025/02/19） [NEW!] ※2025/02/26公開TRPV2の9b3u・9b3v・9b3w・9b3x・9b3y（下掲）・9b3z
- 1つの受容体がさまざまな刺激に応答できる仕組みの一端を解明 ―感覚受容の重要な役者TRPチャネルの理解を進める一歩に―（理研，2013/04/23）
- 冷たいを科学する。身体中に広がるTRPチャネルって？（マイナビニュース，2019/12/25） ※“TRPA1(ワサビやカラシの主成分に反応する)”。
- Transient receptor potentialチャネル - 脳科学辞典
- JT010 ≥98% (HPLC) | Sigma-Aldrich
- 別トピック（本サイト；温度感受性チャネルTRP1） ｜ 同（カプサイシン受容体TRPV1） ｜ 同（TRPV2イオンチャネル） ｜ 同（TRPML1；Mucolipin-1） ｜ 同（TRPV類・Piezo1・Piezo2，2021年ノーベル生理学医学賞情報；ルテニウムレッド結合TRPV4データあり）
［TRPA1 - Wikipedia］
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6pqo（アゴニストJT010が結合したTRPA1チャネル） JT0（JT0）選択 同PDBsumデータ6pqo_JT0[1303(D)]$ ※別研究によるTRPA1構造 6wj5のChain A（阻害剤GDC-0334が結合したTRPA1） 同PDBsumデータ6wj5A_lp$ 7or0のChain A（アンタゴニスト3-60が結合したTRPA1） 0IG（JT0）選択 同PDBsumデータ7or0A_lp$ 8ffmのChain A（ルテニウムレッドと2-APBが結合したTRPA5） 同PDBsumデータ8ffm_lp（2-APB）$ 7t37のChain A（カンナビジオール〈cannabidiol，CBD〉が結合したTRPV2） 同PDBsumデータ 7t37_P0T$ → 危険ドラッグ 9b3yのChain A（プロベネシド〈probenecid〉が結合したTRPV2） 同PDBsumデータ 9b3y_lp$ ［Probenecid - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アゴニストJT010が結合したヒトTRPA1チャネル6pqoとそのPDBsumデータ
別研究によるヒトTRPA1構造6wj5（阻害剤GDC-0334結合）および7or0（アンタゴニスト3-60結合）のChain AとそれぞれのPDBsumデータ
［左］ルテニウムレッドと2-APBが結合したTRPV2 8ffmのChain AとPDBsumデータ（ホウ素は軽金属として I/O 値計算）
［右］カンナビジオール（cannabidiol，CBD）と2-APBが結合したTRPV2 7t37のChain AとPDBsumデータ → 危険ドラッグ
プロベネシド（probenecid）が結合したTRPV2 9b3yのChain AとPDBsumデータ
- デパスの取り締まりが｢遅すぎた｣と言われる訳 麻薬･向精神薬指定に26年､需給制限は不可能（東洋経済オンライン，2019/12/31）
- 高齢者の睡眠薬・抗不安薬どう減らす？ 自己判断は禁物（朝日，2020/01/10）
- 病院でもらう薬でも 身近な薬物依存（毎日，2020/01/10）
- エチゾラム - Wikipedia ｜ ベンゾジアゼピン
- PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性（本サイト）
［Etizolam - Wikipedia，Benzodiazepine - Wikipedia］
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エチゾラム（etizolam） ※他のベンゾジアゼピン系睡眠導入剤：トリアゾラム（triazolam） ［Triazolam - Wikipedia］ ※参考（エチゾラム結合PDBsumデータ）：4c66のPDBsumデータ4c66_H4C$ → J.Med.Chem.誌論文 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
エチゾラム（etizolam）と同分子を含むブロモドメインタンパク質4（BRD4）4c66のPDBsumデータ
- Cardiac muscle thin filament structures reveal calcium regulatory mechanism（Nature Communications，2020/01/09）
- 心臓の鼓動を制御する分子メカニズムをついに可視化 筋収縮のカルシウム制御機構の全貌が明らかに（大阪大学，2020/01/09）
- 突発性心筋症などに関わる分子メカニズムの可視化に成功、治療法開発に期待－阪大（QLifePro医療ニュース，2020/01/15）
- Getting to the heart of heart beats: Cardiac thin filament structure and function revealed（EurekAlert，2020/01/09）
- Getting to the heart of heart beats: Cardiac thin filament structure and function revealed（Science Codex，2020/01/09）
- 心臓の収縮 - 心筋－バーチャルラボラトリ（東邦大学）
- 心筋 - Wikipedia
［Cardiac muscle - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
Ca2+存在下の心筋の細いフィラメント全体構造6kn8
- 村上春樹さんが語る翻訳論 チャンドラーから学んだこと（朝日，2017/12/22）
- 村上春樹，「村上春樹 翻訳（ほとんど）全仕事」，中央公論社(2017)
- 村上春樹・柴田元幸，「本当の翻訳の話をしよう」，スイッチ・パブリッシング(2019)
- 代表的な高分子（本サイト） ｜ 高分子の融点とガラス転移点 ｜ 元素・分子が登場する本を読もう！
初期表示はポリイソプレン（polyisoprene；cis-1,4結合，天然ゴムの主成分）の繰り返し単位
［Natural rubber - Wikipedia，Polyisoprene - Wikipedia］
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p.7・p.437（訳者あとがき） ゴム：天然ゴムの主成分 ポリイソプレン（polyisoprene；cis-1,4結合）の繰り返し単位 ｜ 参考 ポリイソプレン（trans-1,4結合）の繰り返し単位 p.437（訳者あとがき） 絹：絹フィブロインの構造例 3ua0の4量体（Chain A・B×2；カイコのフィブロイン構造例） ［Fibroin - Wikipedia］ → 別トピック p.437（訳者あとがき） ナイロン：ナイロン66（nylon 6,6） ｜ ナイロン6（nylon 6） ［Nylon - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]ポリイソプレン（polyisoprene；cis-1,4結合，天然ゴムの主成分）の繰り返し単位
［中］絹フィブロインの構造例3ua0の4量体（アミノ色表示；球表示はフィブロインに多いGly・Ala・Ser）
［右］ナイロン66（nylon 6,6）の繰り返し単位
- An isoform-selective inhibitor of tropomyosin receptor kinase A behaves as molecular glue（Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters，2020/01/01）
- 今月の分子 68: 神経栄養因子（Neurotrophins）（PDBj，2005/08） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- 痛みと鎮痛の基礎知識 - Pain Relief ー神経栄養因子
［Tropomyosin receptor kinase A - Wikipedia］
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6iqnのChain A（阻害剤が結合したトロポミオシン受容体キナーゼA〈TrkA〉） 同PDBsumデータ6iqn_AQ6[801(A)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤が結合したトロポミオシン受容体キナーゼA（TrkA）6iqnのChain AとそのPDBsumデータ。
- Poly(vinyl alcohol) boosting therapeutic potential of p-boronophenylalanine in neutron capture therapy by modulating metabolism（Science Advances，2020/01/22）
- スライムの化学でがん治療の幅をひろげる ホウ素中性子捕捉療法の効果アップ 記者説明会を開催（東京工業大学，2020/03/04）
- 「液体のり」放射線治療でも期待の星 がん細胞ほぼ消失（朝日，2020/01/23）
- 液体のり成分でがん治療効果が向上 東工大など（日経，2020/01/23）
- 液体のり成分、がん治療に 効果大幅向上―東工大など（時事通信，2020/01/23）
- がん治療に「液体のり」を活用して効果向上…研究者が「これだ！」と感じたワケ（FNN.jp，2020/01/25）
- がん治療に液体のり、研究者の直感「くっつく原理一緒」（朝日，2020/01/27）
- 「誤ったご使用はおやめください」 がん治療で注目の液体のり「アラビックヤマト」、メーカーが注意喚起（BIGLOBEニュース，2020/01/24）
- 「液体のり」成分PVAのがん治療への利用に期待 - Togetter
- 中性子捕捉療法 - Wikipedia
- 代表的な高分子（本サイト）
［Polyvinyl alcohol - Wikipedia］
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ポリビニルアルコール（polyvinyl alcohol，PVA）の繰り返し単位 ｜ ※参考（PVAの原料）：ポリ酢酸ビニル（polyvinyl acetate，PVAc）の繰り返し単位 ボロノフェニルアラニン（p-boronophenylalanine，BPA；モデルは p-borono-L-phenylalanine） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 Jmol色 Rasmol色 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ポリビニルアルコール（polyvinyl alcohol，PVA）の繰り返し単位 ［右］ボロノフェニルアラニン（p-boronophenylalanine，BPA）
- New Coronavirus Protease Structure Available（RCSB PDB，2020/02/04）
- COVID-19 Coronavirus Resources（RCSB PDB，2020/02/06） ※PDB 6lu7*，6vsb*，6lxt，6lvn，6vw1*，6vww*，6y2e・6y2f*・6y2g（*は本トピックに掲載）
- 他のSARS-CoV-2由来タンパク質構造情報 → 新型コロナウイルスの構造情報 - PDBj
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◆主要プロテアーゼ（上記以外）
- X-ray Structure of Main Protease of the Novel Coronavirus SARS-CoV-2 Enables Design of α-Ketoamide Inhibitors（bioRxiv，2020/02/20） ※“PDB under accession codes 6Y2E (unliganded Mpro), 6Y2F (complex with 13b in space group C2), and 6Y2G (complex with 13b in space group P212121)”から6y2fを下掲（2020/03/04公開）
- RCSB PDB 2020/03/11新規公開データより：5r7y PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z45617795 ※他に5r7z～5r84公開
- RCSB PDB 2020/03/11新規公開データより：6y84 COVID-19 main protease with unliganded active site (2019-nCoV, coronavirus disease 2019, SARS-CoV-2)
◆スパイク糖タンパク質 - Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation（Science，2020/02/19） ※2020/02/26公開データ6vsbを下掲
- Breakthrough in Coronavirus Research Results in New Map to Support Vaccine Design（UT News，2020/02/19）
- 「スパイク」の立体構造解明 新型コロナ、ワクチン開発に貢献―米国立研究所など（時事通信，2020/02/20） ※“人の免疫システムに攻撃対象と覚えさせて発症を抑えるワクチンや、侵入を阻害する抗ウイルス薬の開発に広く利用されることが期待される”。
- 新型コロナウイルスは2003年のSARSコロナウイルスよりも細胞への感染力が高いと判明（GIGAZINE，2020/02/21）
- 打倒新型コロナウイルス。原子レベルの姿から弱点を探せ（ギズモード・ジャパン，2020/02/20）
- [2020-02-22改訂] 新型コロナウイルスのスパイク糖タンパク質 (S)のクライオ電顕構造（crisp_bio，2020/02/22改訂）
- Structure, Function, and Antigenicity of the SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein（Cell，2020/03/09） ※2020/03/11公開データ6vxx（closed state）・6vyb（open state），両者のChain Bを下掲 ◆エンドリボヌクレアーゼ Nsp15
- Crystal structure of Nsp15 endoribonuclease NendoU from SARS-CoV-2（bioRxiv，2020/03/03） ※2020/03/04公開6vww
- RCSB PDB 2020/03/11新規公開データより：6w01 The 1.9Å Crystal Structure of NSP15 Endoribonuclease from SARS CoV-2 in the Complex with a Citrate
◆受容体結合ドメイン（RBD）：ヒトACE2（アンジオテンシン変換酵素2）ほかとの複合体 - Structural basis for receptor recognition by the novel coronavirus from Wuhan（Nature Research，2020/02/25） ※2020/03/04公開6vw1 …ヒトACE2（アンジオテンシン変換酵素2）とSARS-CoV-2の受容体結合ドメイン（RBD）との複合体；他に別研究で2020/03/18公開6m0j（スパイクRBD）
- Structural basis for the recognition of the SARS-CoV-2 by full-length human ACE2（Science，2020/03/04） ※2020/03/11公開6m17（2019-nCoV RBD/ヒトACE2-B0AT1 complex；下掲）・6m18（ACE2-B0AT1 complex）・6m1d（ACE2-B0AT1 complex, open conformation） ◆ヌクレオカプシドタンパク質
- 新型コロナウイルスの創薬標的候補であるヌクレオカプシドのウイルスゲノムRNA結合ドメインの結晶構造解析（crisp_bio，2020/03/10） ※2020/03/18公開6m3m ◆ADPリボースホスファターゼ
- RCSB PDB 2020/03/04新規公開データより：6vxs Crystal Structure of ADP ribose phosphatase of NSP3 from SARS CoV-2 ※他に2020/03/11公開6w02
- 本トピック当初のニュース
- 抗HIV薬を新型肺炎治療に応用 北京市衛生健康委（AFPBB News，2020/01/27） ※“ロピナビル／リトナビル”。以下で“ロピナビル/リトナビル（LPV/r）”の2分子同時表示可能。
- その他の 2019-nCoV / SARS-CoV-2 関連情報（適宜記事追加）
- Novel Coronavirus (2019-nCoV) - World Health Organization
- Novel coronavirus (COVID-19)（FDA）
- Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)（CDC）
- SARS-CoV-2 and COVID-19 | Springer Nature
- 2019 Novel Coronavirus Outbreak（Science News）
- NCBI genome ID MN908947
- 新型ウイルスの正式名称は「COVID-19」 WHO発表（AFPBB News，2020/02/12）
- 新型コロナウイルスの症状は、かくして「COVID-19」と名づけられた（WIRED.jp，2020/02/13） ※“WHOは2015年、新たに発生した感染症の名称決定に関するガイドラインを発表”。
- 新型コロナ、インフルやエボラと比べた危険度は 単純ではない感染症のリスクの比較、図とともに解説（ナショナルジオグラフィック，2020/02/12）
- 新型肺炎、SARSとウイルス類似 感染源はコウモリか（朝日，2020/02/03）
- 新型肺炎、治療法を各国で試行 効果あった薬の報告も（朝日，2020/02/04） ※“エボラ出血熱の治療薬として開発された「レムデシビル」”，“インフルエンザ治療薬オセルタミビル（商品名タミフル）と、HIV治療薬（ロピナビルとリトナビル）”，“レムデシビル、リトナビルと、マラリア治療薬として開発され自己免疫疾患にも使われているクロロキンの三つ”。
- 第65回 新型コロナウイルスの新薬開発、驚異的な速度で各国が参入（佐藤健太郎の薬にまつわるエトセトラ，2020/02/25） ※レムデシビル，ファビピラビル（商品名アビガン），リトナビル，ロピナビル，オセルタミビル（タミフル）。
- Two groups use artificial intelligence to find compounds that could fight the novel coronavirus（C&EN，2020/02/04） ※baricitinib（バリシチニブ）
- 新型コロナウイルスの感染阻止が期待される国内既存薬剤の同定（東京大学，2020/03/11） [PDF] ※“ウイルスの侵入過程を効率的に阻止する可能性がある薬剤としてナファモスタット（Nafamostat mesylate、商品名フサン）を同定”。
- 一筋の光が？ コロナウイルスに対するワクチン、まもなく臨床試験へ（ギズモード・ジャパン，2020/03/03） ※ワクチンのほかに“米国内では…レムデシビルa（ttremdesivir）が治療薬として使えるかどうかの臨床試験が進められているそうです”。
- 群馬大など 新型コロナ治療薬の臨床研究開始（日経，2020/03/09） ※“抗HIV薬のロピナビル、リトナビルと、自己免疫疾患の全身性エリテマトーデス治療薬であるヒドロキシクロロキンの3種類の薬剤を併用して…”。
- アンジェスと大阪大学、新型コロナウイルスのワクチンを共同開発（ロイター，2020/03/05） ※“予防用DNAワクチン”，“早ければ６カ月で臨床試験ができるとの見通しを示した”。
- 新型肺炎、ぜんそく薬で改善例 有効な治療法の可能性（朝日，2020/03/03） ※シクレソニド（ciclesonide）
- 【やじうまPC Watch】中国科学院ら、武漢の新型肺炎治療に効く可能性のある30種類の薬を発見（Impress PC Watch，2020/01/27）
- いまこそ知っておくべき「コロナウイルス」に関する4つの基礎知識（WIRED.jp，2020/03/08）
- 新型コロナウイルスの化学への影響（Chem-Station，2020/02/24）
- Q&A「新しい感染症との向き合い方 わかんないよね 新型コロナ」 - 日本科学未来館
- 山中伸弥による新型コロナウイルス情報発信
- 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2（2019-nCoV））による COVID-19 について（ぱそろじすと・あっと・ざ・らぼ；適宜更新）
- 新型コロナウイルスに我々はどう対峙すべきなのか（押谷仁教授メッセージ）（東北大学，2020/02/04）
- 新型コロナウイルスに我々はどう対峙したらいいのか(No.2) 新たな段階に入っている新型コロナウイルスと人類の戦い（2020/02/12）
- 新型コロナウイルスに我々はどう対峙すべきなのか(No.3) 新たなフェーズに入った日本での対応はどうあるべきなのか（2020/02/15）
- 新型コロナウイルスに我々はどう対峙すべきなのか(No.4) 想像する力を武器に（2020/02/22） ※“このウイルスでは、療養のためではなく風邪程度の症状であっても他の人に感染させないために自宅にとどまることが絶対に必要である”。
- 新型コロナウイルス どれぐらい警戒したらいいの？ 感染症のスペシャリストに聞きました（BuzzFeed Japan，2020/01/30）
- 『続・人類と感染症の歴史』の第9章「SARSとMERS」を公開します。（丸善，2020/02/13） ※【コラム】新型コロナウイルスはどう落ち着くのか？（同書著者）
- 新型コロナウイルス関連資料を公開いたします（化学同人） ※『みんなの生命科学』13章：“感染，免疫，抗体，ウイルスについて，わかりやすく解説しています”。
- 新型コロナウイルス（2019-nCoV）関連情報について - 国立感染症研究所
- 新型コロナウイルス感染症 - 日本感染症学会
- COVID-19に対する抗ウイルス薬による治療の考え方 第1版（2020/02/26） [PDF] ※“ロピナビル・リトナビル”（下掲 LPV/r），“ファビピラビル”，“COVID-19 に対する治療に使用できる可能性のある抗ウイルス薬にはレムデシビル、インターフェロン、クロロキンなどがあるが、それらの効果や併用効果に関しては今後の知見が待たれる。”
- 水際対策から感染蔓延期に移行するときの注意点（2020/02/28）
- 新型コロナウイルス関連情報特設サイト - 日本疫学会
- Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 - Wikipedia ∥ 2019新型コロナウイルス - Wikipedia
- 英語版に掲載の2019-nCoVタンパク質構造情報：“The Phyre2 model is courtesy of Innophore (https://innophore.com/2019-ncov/) and the Phyre2 web portal (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/)”。前者（Innophore）にはドッキング計算画像などが多数。
- SARSと抗ウイルス薬（本サイト） ｜ HIVとエイズ ｜ エイズ薬の例 ｜ 別トピック
［Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 - Wikipedia］
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6lu7の4量体（Chain A・C×2；新型コロナウイルスSARS-CoV-2の主要プロテアーゼ） Chain C選択 ｜ 6lu7（Chain A・C） 6y2f（新型コロナウイルスSARS-CoV-2の主要プロテアーゼ） 6vsb（SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質） 6vxxのChain B（SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質，closed state） ｜ 6vybのChain B（同，open state） 6vwwのChain A（SARS-CoV-2のエンドリボヌクレアーゼ Nsp15） ［Endoribonuclease - Wikipedia］ 6vw1のChain A・E（ヒトACE2（アンジオテンシン変換酵素2）とSARS-CoV-2の受容体結合ドメイン〈RBD〉との複合体） ［Angiotensin-converting enzyme 2 - Wikipedia］ 6m17（ヒトACE2とB0AT1およびSARS-CoV-2のRBDとの複合体） ［Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1 - Wikipedia］ 6m3mのChain A（SARS-CoV-2のヌクレオカプシドタンパク質のN末端RNA結合ドメイン） 6vxsのChain A（SARS-CoV-2のADP-リボース 1''-リン酸ホスファターゼ） ［ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase - Wikipedia］ ※参考（SARSコロナウイルスのPDBデータ例）：1q2wのChain A（SARSコロナウイルスのプロテアーゼ） → 別トピック ※参考（MERSコロナウイルスのPDBデータ例）：4wmdのChain A（MERSコロナウイルスのプロテアーゼ） LPV/r（ロピナビル/リトナビル） ［Lopinavir/ritonavir - Wikipedia，Lopinavir - Wikipedia，Ritonavir - Wikipedia］ ロピナビル（lopinavir，LPV） リトナビル（ritonavir，RTV） ファビピラビル（favipiravir，T-705；インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼ阻害剤，商品名アビガン Avigan） → 別トピック｜エボラ出血熱 ［Favipiravir - Wikipedia］ ファビピラビル3リン酸体T-705RTP（活性体） レムデシビル（remdesivir） ［Remdesivir - Wikipedia］ バリシチニブ（baricitinib） ［Baricitinib - Wikipedia］ シクレソニド（ciclesonide） ［Ciclesonide - Wikipedia］ ヒドロキシクロロキン（hydroxychloroquine） ［Hydroxychloroquine - Wikipedia］ ナファモスタット（nafamostat） ［Nafamostat - Wikipedia］ ※参考（ロピナビルが結合したPDBデータ例）：1mui（ロピナビルが結合したHIV-1プロテアーゼ） 同PDBsumデータ 1mui_AB1$ ※参考（リトナビルが結合したPDBデータ例）：1rl8（リトナビルが結合したHIV-1プロテアーゼ） 同PDBsumデータ 1rl8_RIT$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7の4量体（Chain A・C×2）
［中・右］SARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7（Chain A・C）とSARS-CoV-2のプロテアーゼ1q2wのChain Aの比較およびPyMOLによる両者の重ね合わせ画像
［左］別研究のSARS-CoV-2プロテアーゼ6y2f ［中・右］参考：MERS-CoVのプロテアーゼ4wmdのChain A（中）とSARS-CoV-2のプロテアーゼ1q2wのChain A（右）
［左］SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質6vsb（GlcNAcは糖鎖 N-アセチルグルコサミン）
［右］SARS-CoV-2スパイク糖タンパク質6vxx（closed state）と同6vyb（open state）のPyMOLによる重ね合わせ画像動画（どちらもChain B）
［左・右］SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質6vsbとSARSスパイク糖タンパク質6crz（Science論文で比較）のPyMOLによる重ね合わせ画像と動画（どちらもChain A）
［左］ヒトACE2（アンジオテンシン変換酵素2）とSARS-CoV-2の受容体結合ドメイン（RBD）との複合体 6vw1のChain A・E
［右］ヒトACE2とB0AT1およびSARS-CoV-2のRBDとの複合体 6m17
［左］SARS-CoV-2エンドリボヌクレアーゼ（endoribonuclease）6vwwのChain A
［中］SARS-CoV-2のヌクレオカプシドタンパク質のN末端RNA結合ドメイン 6m3mのChain A
［右］SARS-CoV-2のADP-リボース 1''-リン酸ホスファターゼ 6vxsのChain A
［左］LPV/r（ロピナビル/リトナビル） ［右］参考：HIV-1プロテアーゼ1muiと1rl8のPDBsumデータ
左からレムデシビル（remdesivir），バリシチニブ（baricitinib），シクレソニド（ciclesonide），ヒドロキシクロロキン（hydroxychloroquine），ナファモスタット（nafamostat）
［左］ファビピラビル（favipiravir，T-705；商品名アビガン Avigan） ［中］ファビピラビル3リン酸体T-705RTP（活性体）
［右］ファビピラビル活性体例が阻害作用を示す様子の4kn6（ヒトのヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ）のPDBsumデータ → 別トピック｜エボラ出血熱
新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7・6y2fとSARSのプロテアーゼ1q2wのアミノ酸配列比較（何れもA鎖；後者FASTAデータの最初の2残基は除外）
※自作秀丸マクロにより作表
1-50
6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）
Ser
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1q2w（SARS）
Ser
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6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）
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6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）
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1q2w（SARS）
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151-200
6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）
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201-250
6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）
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1q2w（SARS）
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Asp
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251-300
6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）
Gly
Pro
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Ser
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Thr
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Asp
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Cys
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Gly
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1q2w（SARS）
Gly
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Asp
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Val
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301-
6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）
Ser
Gly
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1q2w（SARS）
Ser
Gly
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Gly
- Crystal structures of fukutin-related protein (FKRP), a ribitol-phosphate transferase related to muscular dystrophy（Nature Communications，2020/01/16）
- 筋ジストロフィー症に関わる糖鎖を合成する仕組みを解明（KEK，2020/01/17）
- 筋ジストロフィーの新規発症メカニズム、遺伝子FKRPの糖鎖合成機構を解明－都長寿研ほか（QLifePro医療ニュース，2020/01/21）
- 福山型先天性筋ジストロフィー - Wikipedia ｜ フクチン
［Fukutin-related protein - Wikipedia］
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6kajのChain A（フクチン関連タンパク質，FKRP） CDP（シチジン二リン酸）選択 RB0（D-リビトール）選択 同PDBsumデータ6kaj_CDP-RB0$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
フクチン関連タンパク質（FKRP）6kajのChain AとそのPDBsumデータ