オクタノール-水系に溶解したメチルレッド（右分子）の分層
→ 有機分子の構成元素と色立体

図３　コカイン（cocaine）の受容体との結合
【参考文献】山川ほか「メディシナルケミストリー 第4版」（講談社）pp.125-126

分子モデル１　コカインとプロカイン

静電ポテンシャル表示・親油ポテンシャル表示の凡例

cocaine（C17H21NO4） 《下の初期表示は C17H22N+O5》	procaine（C13H20N2O2） 《下の初期表示は C13H21N+NO2》
C17H21NO4　｜　 C17H22N+O5 静電ポテンシャル表示 → ON　 OFF 親油ポテンシャル表示 → ON　 OFF 空間充填　 球棒モデル　 スティック　 OFF Dot Surface表示　 OFF　｜　 ラベル表示　 OFF specular　 OFF　｜　 光量30%　 OFF 軸表示　 OFF　｜　 bounding box表示　 OFF 背景・黒　 背景・灰　 背景・白 画像をクリップボードへコピー	C13H20N2O2　｜　 C13H21N+NO2 静電ポテンシャル表示 → ON　 OFF 親油ポテンシャル表示 → ON　 OFF 空間充填　 球棒モデル　 スティック　 OFF Dot Surface表示　 OFF　｜　 ラベル表示　 OFF specular　 OFF　｜　 光量30%　 OFF 軸表示　 OFF　｜　 bounding box表示　 OFF 背景・黒　 背景・灰　 背景・白 画像をクリップボードへコピー

※ChemFinder情報：

分子モデル２　コカインを含むPDBデータ例（1I7ZのChain A・B）
元データ（Antibody Gnc92H2 Bound To Ligand）のChain A・B・C・DからA・Bだけを抜粋
※リンクしているPDBデータ（1I7Z）はEric Martzによるもので，以下のモデル表示変更に用いたスクリプトも同氏のものを参考にしました．

Cartoon　 Backbone　 2oStructure　 Termini Ligands表示　 OFF Protein選択　 Ligand選択　 全選択 空間充填　 球棒モデル　 スティック　 OFF CPK　 amino Dot Surface表示　 OFF 水素結合表示（細）　 同（太）　 OFF Specular　 OFF　｜　 光量30%　 OFF 軸表示　 OFF　｜　 Bounding Box表示　 OFF 背景・黒　 背景・灰　 背景・白 画像をクリップボードへコピー

amino表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR
ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

図４　(-)-epinephrine（adrenaline）の受容体との結合
【参考文献】山川ほか「メディシナルケミストリー 第4版」（講談社）p.22，野崎ほか「創薬化学」（化学同人）p.49

分子モデル３　(-)-epinephrineと(+)-epinephrineの活性の違い
《以下のモデルは C₉H₁₄N⁺O₃》

(-)-epinephrine　…活性強い	(+)-epinephrine　…活性弱い
静電ポテンシャル表示 → ON　 OFF 親油ポテンシャル表示 → ON　 OFF 空間充填　 球棒モデル　 スティック　 OFF Dot Surface表示　 OFF　｜　 ラベル表示　 OFF specular　 OFF　｜　 光量30%　 OFF 軸表示　 OFF　｜　 bounding box表示　 OFF 背景・黒　 背景・灰　 背景・白 画像をクリップボードへコピー	静電ポテンシャル表示 → ON　 OFF 親油ポテンシャル表示 → ON　 OFF 空間充填　 球棒モデル　 スティック　 OFF Dot Surface表示　 OFF　｜　 ラベル表示　 OFF specular　 OFF　｜　 光量30%　 OFF 軸表示　 OFF　｜　 bounding box表示　 OFF 背景・黒　 背景・灰　 背景・白 画像をクリップボードへコピー

※ChemFinder情報：(+)-epinephrine（adrenaline）
※Interactive LOGKOW Demoによるadrenalineのlog P 値＝-1.37

分子モデル４　分子と分子の相互作用の模式図（アミノ酸を例に）
※以下のモデルは分子計算したものではなく，あくまで参考図です． → 参考：分子と分子の結合(1)

空間充填　 球棒モデル　 スティック　 OFF 球棒モデルでダミー原子をスティック表示 原子球・白　 OFF（CPK） Dot Surface表示　 OFF　｜　 ラベル表示　 OFF specular　 OFF　｜　 光量20%　 OFF 軸表示　 OFF　｜　 bounding box表示　 OFF 背景黒　 背景灰　 背景白 画像をクリップボードへコピー

結合の種類／およその結合の強さ：表示模式図 ・共有結合／150〜600 kJ mol-1： Cystine（S-S結合） 　　（→ 結合前；Cys ＋ Cys） ・静電相互作用／（結合力は種類により広範囲） 　〔例〕イオン結合： [Lys]-NH3+ … -OCO-[Asp] 　　（→ 結合前；Lys]-NH3+ ＋ [Asp]-COO-） ・水素結合／10〜40 kJ mol-1： ＞N-H … O=C＜ 　　（→ 結合前） ・van der Waals結合／〜1 kJ mol-1： -CH3 ・ CH3- 　　（→ 結合前） ※関連ページ ・分子と分子の結合(1) ・分子と分子の結合(2) ・水，アンモニア，メタン，二酸化炭素 ・分子振動／二酸化炭素と水 ・タンパク質中の20種類のアミノ酸 ・タンパク質の高次構造（α-ヘリックスとβ鎖） ・遺伝子DNA／４種類の塩基 ・アミノ酸とDNA塩基の有機性・無機性（画像）