◆ 分子と分子の相互作用(QSARと有機概念図から)/Chime分子表示 ◆
解説編Excel用有機概念図計算シートのダウンロードと説明


オクタノール-水系に溶解したメチルレッド(右分子)の分層
有機分子の構成元素と色立体



図3 コカイン(cocaine)の受容体との結合
【参考文献】山川ほか「メディシナルケミストリー 第4版」(講談社)pp.125-126


分子モデル1 コカインとプロカイン

静電ポテンシャル表示・親油ポテンシャル表示の凡例
cocaine(C17H21NO4
《下の初期表示は C17H22N+O5
procaine(C13H20N2O2
《下の初期表示は C13H21N+NO2

C17H21NO4 |  C17H22N+O5
静電ポテンシャル表示 ON  OFF
親油ポテンシャル表示 ON  OFF

空間充填  球棒モデル  スティック  OFF
Dot Surface表示  OFF |  ラベル表示  OFF
specular  OFF |  光量30%  OFF
軸表示  OFF |  bounding box表示  OFF
背景・黒  背景・灰  背景・白
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C13H20N2O2 |  C13H21N+NO2
静電ポテンシャル表示 ON  OFF
親油ポテンシャル表示 ON  OFF

空間充填  球棒モデル  スティック  OFF
Dot Surface表示  OFF |  ラベル表示  OFF
specular  OFF |  光量30%  OFF
軸表示  OFF |  bounding box表示  OFF
背景・黒  背景・灰  背景・白
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※ChemFinder情報:
cocaineprocaine
Interactive LOGKOW Demo掲載のlog P 値:cocaine=2.30,procaine=2.14


分子モデル2 コカインを含むPDBデータ例(1I7ZのChain A・B)
元データ(
Antibody Gnc92H2 Bound To Ligand)のChain A・B・C・DからA・Bだけを抜粋
※リンクしているPDBデータ(1I7Z)はEric Martzによるもので,以下のモデル表示変更に用いたスクリプトも同氏のものを参考にしました.

Cartoon  Backbone  2oStructure  Termini
Ligands表示  OFF

Protein選択  Ligand選択  全選択
空間充填  球棒モデル  スティック  OFF
CPK  amino
Dot Surface表示  OFF
水素結合表示(細)  同(太)  OFF
Specular  OFF |  光量30%  OFF
軸表示  OFF |  Bounding Box表示  OFF
背景・黒  背景・灰  背景・白
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amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO



図4 (-)-epinephrine(adrenaline)の受容体との結合
【参考文献】山川ほか「メディシナルケミストリー 第4版」(講談社)p.22,野崎ほか「創薬化学」(化学同人)p.49


分子モデル3 (-)-epinephrineと(+)-epinephrineの活性の違い
《以下のモデルは C9H14N+O3
(-)-epinephrine …活性強い (+)-epinephrine …活性弱い

静電ポテンシャル表示 ON  OFF
親油ポテンシャル表示 ON  OFF

空間充填  球棒モデル  スティック  OFF
Dot Surface表示  OFF |  ラベル表示  OFF
specular  OFF |  光量30%  OFF
軸表示  OFF |  bounding box表示  OFF
背景・黒  背景・灰  背景・白
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静電ポテンシャル表示 ON  OFF
親油ポテンシャル表示 ON  OFF

空間充填  球棒モデル  スティック  OFF
Dot Surface表示  OFF |  ラベル表示  OFF
specular  OFF |  光量30%  OFF
軸表示  OFF |  bounding box表示  OFF
背景・黒  背景・灰  背景・白
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※ChemFinder情報:
(+)-epinephrine(adrenaline)
Interactive LOGKOW Demoによるadrenalineのlog P 値=-1.37


分子モデル4 分子と分子の相互作用の模式図(アミノ酸を例に)
※以下のモデルは分子計算したものではなく,あくまで参考図です. → 参考:
分子と分子の結合(1)

空間充填  球棒モデル  スティック  OFF
球棒モデルでダミー原子をスティック表示
原子球・白  OFF(CPK)
Dot Surface表示  OFF |  ラベル表示  OFF
specular  OFF |  光量20%  OFF
軸表示  OFF |  bounding box表示  OFF
背景黒  背景灰  背景白
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結合の種類/およその結合の強さ:表示模式図
・共有結合/150〜600 kJ mol-1 Cystine(S-S結合)
  (→ 結合前;Cys + Cys
・静電相互作用/(結合力は種類により広範囲)
 〔例〕イオン結合: [Lys]-NH3+-OCO-[Asp]
  (→ 結合前;Lys]-NH3+ + [Asp]-COO-
・水素結合/10〜40 kJ mol-1 >N-H … O=C<
  (→ 結合前)
・van der Waals結合/〜1 kJ mol-1 -CH3 ・ CH3-
  (→ 結合前)


※関連ページ
分子と分子の結合(1)
分子と分子の結合(2)
水,アンモニア,メタン,二酸化炭素
分子振動/二酸化炭素と水
タンパク質中の20種類のアミノ酸
タンパク質の高次構造(α-ヘリックスとβ鎖)
遺伝子DNA/4種類の塩基
アミノ酸とDNA塩基の有機性・無機性(画像)



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