- 植物科学：植物フィトクロムBの非対称な二量体構造（Nature ハイライト，2022/04/07）
- Molecular ‘blueprint’ illuminates how plants perceive light（Washington University in St. Louis，2022/03/30）
- フィトクロム - Wikipedia ｜ フィコシアノビリン
- フィトクロムB - 光合成事典 ｜ フィコシアノビリン
［Phytochrome - Wikipedia，Phycocyanobilin - Wikipedia］
|
|
7rzwのChain A（フィトクロモビリン〈PΦB〉が結合したシロイヌナズナのフィトクロムB） 同PDBsumデータ7rzw_lp（phytochromobilin）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
フィトクロモビリン（phytochromobilin；PΦB）が結合したシロイヌナズナのフィトクロムB 7rzwのChain AとそのPDBsumデータ
-
●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
［AMPA receptor - Wikipedia］
|
|
7lo8のChain Z（黄色ブドウ球菌の薬物排出ポンプNorA；CDRH3ループが結合（Fab36軽鎖〈Chain L〉中） Chain L（CDRH3ループのみ）選択・α炭素ラベル表示 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
黄色ブドウ球菌の薬物排出ポンプNorA 7lo8のChain Z（NorA）と結合しているFab36 CDRH3ループ（軽鎖Chain L中）
- Basis of narrow-spectrum activity of fidaxomicin on Clostridioides difficile（Nature，2022/04/061）
- フィダキソマイシン - Wikipedia
- 医療用医薬品 : ダフクリア
- 抗生物質データ集メニュー（本サイト）
［Fidaxomicin - Wikipedia］
|
|
7l7bのChain D（フィダキソマイシンが結合したディフィシレ菌のRNAポリメラーゼ） 同PDBsumデータ7l7bD_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
フィダキソマイシン（fidaxomicin）が結合したディフィシレ菌のRNAポリメラーゼ7l7bのChain DとそのPDBsumデータ
- ヒストンアセチルトランスフェラーゼ別研究例
- ヒストンアセチルトランスフェラーゼ - Wikipedia ｜ p300/CBPコアクチベーターファミリー
- 別トピック（本サイト，FAD関連）
［Histone acetyltransferaser - Wikipedia，p300-CBP coactivator family - Wikipedia］
|
|
7vi0のChain A（DS17701585が結合したヒストンアセチルトランスフェラーゼp300〈EP300/CBPファミリー〉） 同PDBsumデータ7vi0A_lp$ 8gzcのChain A（DS-9300類縁体が結合したヒストンアセチルトランスフェラーゼp300〈EP300/CBPファミリー〉） 同PDBsumデータ8gzcA_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
DS17701585が結合したヒストンアセチルトランスフェラーゼp300（EP300/CBPファミリー）7vi0のChain AとそのPDBsumデータ
DS-9300類縁体が結合したヒストンアセチルトランスフェラーゼp300（EP300/CBPファミリー）8gzcのChain AとそのPDBsumデータ
- Serial crystallography captures dynamic control of sequential electron and proton transfer events in a flavoenzyme（Nature Chemistry，2022/04/07） ※ビデオデータ3件あり
- フォトリアーゼ - Wikipedia
［Photolyase - Wikipedia］
|
|
7vj1（DNA光回復酵素〈DNAフォトリアーゼ〉） 同PDBsumデータ7vj1_FAD（酸化型，10 μs）$ ｜ 同PDBsumデータ7vj0_FAD（酸化型，1 μs）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
DNA光回復酵素（DNAフォトリアーゼ）7vj1とそのPDBsumデータ（7vj0との比較），“Arg378, Asn403 and Asp409”は論文参照
- Opening of glutamate receptor channel to subconductance levels（Nature，2022/04/20）
- NMDA受容体とAMPA受容体 - 薬学用語解説 - 日本薬学会
- イオンチャネル型グルタミン酸受容体 | アブカム
- シクロペンチアジド - KEGG DRUG
- 別トピック（イオンチャネル型グルタミン酸受容体）
［Ionotropic glutamate receptor - Wikipedia，Cyclothiazide - Wikipedia］
|
|
7tnpのChain A（血圧降下薬・利尿薬シクロチアジドが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体） ※別データ例：5l1f（抗てんかん薬ペランパネルが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体〈AMPA受容体〉） 6ZP（perampanel）選択 同PDBsumデータ5l1f_6ZP$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］血圧降下薬・利尿薬シクロチアジドが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体（iGluR）7tnpのChain A
［中・右］別研究のiGluR（AMPA受容体；抗てんかん薬ペランパネル結合） 5l1fとそのPDBsumデータ
- オピオイド受容体、オレキシン受容体を標的とした創薬研究ーChemical Times 特集より（Chem-Station，2022/05/03）
- オレキシン - 脳科学辞典
- オレキシン関連記事
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト） ｜ 抗うつ剤と神経伝達物質 ｜ 危険ドラッグ ｜ 別トピック[1]・[2]
|
|
◆モルヒネと主な合成麻薬の構造（p.2）： モルヒネ（モルフィン，morphine） ペンタゾシン（pentazocine） フェンタニル（fentanyl） ｜ 結合PDBsumデータ例：5tzo_7V7[202(A)] （エンド-1,4-β-キシラナーゼ）$ ペチジン（pethidine） オキシコドン（oxycodone） → 別トピック ブプレノルフィン（buprenorphine） → 別トピック ◆モルヒナン型オレキシン受容体拮抗薬（p.9）： スボレキサント（suvorexant） → 別トピック ｜ 結合PDBsumデータ例：6tpj_SUV（オレキシン2〈OX2〉受容体；スボレキサントのH原子付加）$ レンボレキサント（lemborexant） → 別トピック ｜ 結合PDBsumデータ例：6tot_NRK[401(A)]（オレキシン1〈OX1〉受容体）$ EMPA ｜ 結合PDBsumデータ例：5ws3_7MA（オレキシン2〈OX2〉受容体）$ ◆ナルフラフィン活性立体配座に基づく新規κオピオイド鎮痛薬の創出（p.16）： ナルフラフィン（nalfurafine） → GPCR ※κオピオイド受容体のPDBsumデータ例；PDBsumデータ6b73_CVV（アゴニストMP1104とナノボディが結合したκオピオイド受容体）$ ◆参考：オレキシン構造例 1r02（オレキシンA） ［Orexin - Wikipedia，Orexin-A - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
オピオイド受容体の主要なクラス例μ 4dkl，κ 4djh，δ 4ej4，および関連するノシセプチンオピオイド受容体（NOP） 4ea3 → GPCR - 2012年ノーベル化学賞
スボレキサント結合の6to7（OX1受容体）と6tpj（OX2受容体，どちらもChain A）とそれらのPDBsumデータ（後者はスボレキサントのH原子付加）
レンボレキサント結合のOX1受容体6totとそのPDBsumデータ
EMPA結合のOX2受容体5ws3とそのPDBsumデータ
［左］ナルフラフィン（nalfurafine） ［中・右］ナルフラフィンが結合したκオピオイド受容体7yitのChain AとそのPDBsumデータ（JmolデータはGPCRに）
アゴニストMP1104とナノボディが結合したκオピオイド受容体6b73のChain A・DとそのPDBsumデータ
参考（オレキシン構造例）：オレキシンA 1r02
- 分子生物学：可逆的なリン酸化修飾がtRNAに耐熱性をもたらす（Nature ハイライト，2022/05/12）
- Reversible RNA phosphorylation stabilizes tRNA for cellular thermotolerance（Nature，2022/04/27）
- Phosphorylation found inside RNA（Nature News & Views，2022/0）
- DNAとRNAのいろいろな姿（本サイト） ｜ コドンと遺伝暗号表
|
|
7vnvのChain A（超好熱性アーキアのtRNA） 9QV（Up47）選択 バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
超好熱性アーキアのtRNA 7vnvのChain A（空間充填表示がリン酸化ウリジンUp47，小さい球表示がその他のヘテロ原子）
［Hexazine - Wikipedia］
|
|
バックボーン 二次構造 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 背景・黒 灰 白 紺 |
ヘキサジン（hexazine）
［cGMP-specific phosphodiesterase type 5 - Wikipedia］
|
|
7faq（ホスホジエステラーゼ5〈PDE5〉） 同PDBsumデータ7faq_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ホスホジエステラーゼ5（PDE5）7faqとそのPDBsumデータ