ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。
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6xytのChain A(光駆動ナトリウムポンプKR2) LYR(レチナール結合LYSINE)選択 Na+イオン選択 S70・L74・R109・N112・W113・D116・D251(Nature Communications論文中のアミノ酸残基;6xyt関連以外も含む)選択&α炭素ラベル表示 同PDBsumデータ6xyt_NA[319(A)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
光駆動ナトリウムポンプKR2の構造例6xyt(100KにおけるO-state;Nature Communications論文中のアミノ酸残基S70・L74・R109・N112・W113・D116・D251をスティック表示)と同PDBsumデータ
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6l7y(RNAトリホスファターゼ) JJY(化合物 #466)選択 同PDBsumデータ6l7y_JJY$ | PDBsumデータ6l7x_E7R(化合物 #951結合)$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
化合物 #466が結合したRNAトリホスファターゼ6l7yとそのPDBsumデータ(化合物 #951結合6l7xとの比較)
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6p6l(グレカプレビル〈glecaprevir〉が結合したHCV NS3/4Aプロテアーゼ) O31(グレカプレビル)選択 同PDBsumデータ6p6l_O31$ | PDBsumデータ6p6s_O31$ PDBsumデータ6p6t_O31$ PDBsumデータ6p6v_O31$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
グレカプレビル(glecaprevir)が結合したHCV NS3/4Aプロテアーゼ6p6lおよびそのPDBsumデータ(6p6s,6p6t,6p6vとの比較)
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6vkkのChain A(ルカパリブ〈rucaparib〉が結合したポリ(ADP-リボース)ポリメラーゼ1〈PARP-1〉) RPB(ルカパリブ)選択 同PDBsumデータ6vkk_RPB$ | PDBsumデータ6vkq_UHB$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤ルカパリブ(rucaparib)が結合したポリ[ADP-リボース]ポリメラーゼ1(PARP-1)6vkkのChain AとそのPDBsumデータ(阻害剤EB-47結合の6vkqとの比較)
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6rv3のChain A(阻害剤BAY 1000493が結合したTASKチャネル) KKQ(BAY 1000493)選択 同PDBsumデータ6rv3_KKQ$(A・B座標のA座標) | PDBsumデータ6rv4_KKZ(阻害剤BAY 2341237結合)$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤BAY 1000493が結合したTASKチャネル6rv3のChain A(BAY 1000493はA・B座標重ね表示)とそのPDBsumデータ(A座標;BAY 2341237結合の6rv4との比較)
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6y2t(biotC4-1コファクターが結合したストレプトアビジン) ※別研究から 7efcの4量体(Chain A×4;ビオチンが結合したストレプトアビジン) 同PDBsumデータ7efc_BTN$ | PDBsumデータ7efd_BTN$ [Biotin - Wikipedia] 8y2aのChain A(ligand MT6が結合したストレプトアビジン) 同PDBsumデータ8y2a_MT6[201(A)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]biotC4-1コファクターが結合したストレプトアビジン6y2t
[右]ビオチンが結合したストレプトアビジン7efcの4量体(Chain A×4)そのPDBsumデータ(7efdとの比較)
ligand MT6が結合したストレプトアビジン8y2aのChain A
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ミエリン関連糖タンパク質5lf5の2量体(Chain A×2)
転移RNA構造例PDBデータ 1g59(tRNAGlu)のChain B
DNA/RNA(ATGCU,backbone) 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 (*印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
p.3ほか DNA/p.4ほか 二重螺旋/p.19ほか RNA:(以下はDNA部分構造例) → DNAとRNAのいろいろな姿 1gt0のChain A・B(Oct4・Sox2・DNA 複合体;DNAのみ) | 1gt0全体* C鎖(Oct1)選択 D鎖(Sox2)選択 → Oct1/Sox2/DNA 複合体 p.12・21・112ほか セントラルドグマ/p.32ほか コドン/p.112 RNAワールド仮説: → コドンと遺伝暗号表 DNA部分構造例(mol形式データは塩基色表示ができません) H原子消去 A-Tx2_G-Cx2 A-T_G-C(mol形式;以下の2データの同時表示) A-T 同mol形式 G-C 同mol形式 p.17ほか ウラシル(U):UUUUUUUUUUUUの構造例 → コドンと遺伝暗号表 p.27 岡崎フラグメント:1gtcのModel 1(岡崎フラグメント構造例) p.33ほか 転移RNA(tRNA):1g59のChain B(tRNA構造例;tRNAGlu) 同Chain A・B(tRNAGluとGluRSの複合体) p.35・142ほか ヘモグロビン: → ヘモグロビン p.37・202ほか ヒストン/p.204 ヌクレオソーム:PDBデータ 1aoi(ヒストンを含むヌクレオソームの構造例) ヒストンH2A選択 H2B選択 H3選択 H4選択 [Histone - Wikipedia,Nucleosome - Wikipedia] いろな姿 p.48ほか ロバスト: → DNAの脆弱性と強靭性 p.57・96ほか イントロン・エキソン/p.96ほか スプライシング:1u6b(スプライシング時の投げ縄状構造例)Chain B(イントロン)選択 Chain C(エキソン)選択 p.72 iPS細胞: → Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から p.75ほか RNAi法: → 2006年ノーベル生理学医学賞:RNA干渉 p.80 RNAポリメラーゼ:6j4y(DNA/RNAが結合したRNAポリメラーゼの構造例) → Science誌論文|別トピック [RNA polymerase - Wikipedia] p.100ほか クリスパー: → CRISPR関連生体分子データ - ゲノム編集を考える p.100ほか ウイルス: → 本サイト“ウイルス”Google検索結果 p.107 二〇種類のアミノ酸/p.121ほか アミノ酸:アミノ酸20種全表示(有機概念図I/O値順,pdb形式) | → アミノ酸 p.109 食塩:塩化ナトリウム(NaCl)の結晶構造 p.109ほか 水:水(water) p.111ほか RNAワールド仮説: → コドンと遺伝暗号表 p.116ほか タンパクの構造は一次から四次までの構造/p.116ほか αヘリックス・βシート: → ヘモグロビン(一次構造~四次構造の例として) p.125ほか 受容体: → 本サイト“受容体 OR レセプター”Google検索結果|GPCR(多彩な受容体例) p.129・131ほか 光受容体: → モノはなぜ見える p.135ほか 抗体: → 本サイト“抗体”Google検索結果 p.137 ハブ毒:1bj3(ハブ毒構造例;血液凝固因子IXサブユニットAおよびB]) p.140 薬とは何か?: → 日本発の医薬品 p.145・193ほか オプジーボ(物質名ニボルマブ)/p.146 PD-L1/p.147 PD-1:5ggrのChain A・B・Y(ニボルマブのFabが結合したPD-1) Chain Y(PD-1)選択 3bik(PD-1/PD-L1複合体) Chain C(PD-1)選択 …本庶らによるPDBデータ(他にPD-L1のみの3bis) → 分子モデルで見るノーベル賞|別トピック p.159 光合成: → 光合成に関係する生体分子のSITE例 p.159 呼吸鎖: → 別トピック p.159ほか グルコース:α-グルコース(α-glucose) β-グルコース(β-glucose) → 甘味物質の秘密 p.164ほか がん: → 話題の制がん剤・抗がん剤|抗がん剤開発と標的タンパク質 p.183ほか エピジェネティックス/p.185・192ほか DNAのメチル化: → 別トピック p.208 概日リズム: → 別トピック p.208 ドーパミン:ドーパミン/ドパミン(dopamine) → 抗うつ剤と神経伝達物質 p.213 環境ホルモン: → 環境ホルモン情報|環境ホルモンとして疑われている化合物例 |
[左]DNA(p.3)の3Dプリンタ模型 [中]転移RNA(tRNA)1g59(tRNAGlu)のChain B(p.33) [右]DNA/RNAが結合したRNAポリメラーゼ6j4y(p.80)
[左]スプライシング時の投げ縄状構造例1u6b(B鎖:イントロン C鎖:エキソン;p.96) [中]20種類のアミノ酸(p.107) [右]タンパク質の一次構造~四次構造の例としてヘモグロビン4hhb(p.117)
[左]ニボルマブ(商品名 オプジーボ)のFabが結合したPD-1 5ggr(p.145) [右]PD-L1が結合したPD-1 3bik(p.147)
[左]呼吸鎖複合体I 4heaのChain 1-HとFMN(フラビンモノヌクレオチド)(p.159) [右]ヒストンを含むヌクレオソームの構造例1aoi(p.202)
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レンボレキサント(lemborexant) | レンボレキサント結合PDBデータ例:6totのChain A(レンボレキサントが結合したオレキシン1〈OX1〉受容体) NRK(レンボレキサント)選択 同PDBsumデータ6tot_NRK[401(A)]$ ダリドレキサント(daridorexant) | ダリドレキサント結合PDBデータ例:6tp3のChain A(ダリドレキサントが結合したオレキシン1〈OX1〉受容体) NS2(ダリドレキサント)選択 同PDBsumデータ6tp3_NS2[401(A)]$ スボレキサント(suvorexant) | スボレキサント結合PDBsumデータ例:6tpj_SUV(オレキシン2〈OX2〉受容体;スボレキサントのH原子付加)$ → 別トピック [Suvorexant - Wikipedia] ラメルテオン(ramelteon) | ラメルテオン結合PDBデータ例:7db6のChain D(メラトニン受容体MT1;ラメルテオンが結合) 同PDBsumデータ7db6_JEV$ → GPCR [Ramelteon - Wikipedia] ※参考データ(オレキシン例のオレキシンA構造例):1r02(オレキシンA) ※アミノ酸配列:QPLPDCCRQKTCSCRLYELLHGAGNHAAGILTL [オレキシン - 脳科学辞典] バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]レンボレキサント(lemborexant)
[中・右]レンボレキサントが結合したオレキシン1(OX1)受容体6totのChain AとPDBsumデータ
[左]ダリドレキサント(daridorexant)
[中・右]ダリドレキサントが結合したオレキシン1(OX1)受容体6tp3のChain AとPDBsumデータ
[左]スボレキサント(suvorexant)
[中・右]スボレキサント結合の6to7(OX1受容体)と6tpj(OX2受容体,どちらもChain A)とそれらのPDBsumデータ(後者はスボレキサントのH原子付加)
[左]ラメルテオン(ramelteon)
[中・右]ラメルテオンが結合したメラトニン受容体MT1 7db6のChain DとPDBsumデータ
参考データ:オレキシン例のオレキシンA構造例1r02
1r02のアミノ酸配列(特性基 R のI/O値順)
Gln
Pro
Leu
Pro
Asp
Cys
Cys
Arg
Gln
Lys
Thr
Cys
Ser
Cys
Arg
Leu
Tyr
Glu
Leu
Leu
His
Gly
Ala
Gly
Asn
His
Ala
Ala
Gly
Ile
Leu
Thr
Leu
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6co3(阻害剤BAY 1000493が結合したTASKチャネル) Chain Q(アミロイドβ)選択 同PDBsumデータ6co3_ALA~ASP(ALA-GLU-PHE-ARG-HIS-ASP)$ ※参考(他のアミロイドβ構造例):2naoのModel 1〔アルツハイマー病に関連する42残基のアミロイドβ線維;残基番号1-42〕 残基番号2-7(ALA-GLU-PHE-ARG-HIS-ASP)選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左・中]アミロイドβが結合したアデュカヌマブ(aducanumab)の構造例6co3とそのPDBsumデータ
[右]他のアミロイドβ構造例2naoのModel 1(残基番号1-42);球表示は残基番号2-7(ALA-GLU-PHE-ARG-HIS-ASP)
第95回サイエンスカフェにいがた(2016/10/16)でaducanumab紹介(紹介論文(2016),会場写真参照)
Asp | Ala | Glu | Phe | Arg | His | Asp | Ser | Gly | Tyr | Glu | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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PDB 2NAO | Asp | Ala | Glu | Phe | Arg | His | Asp | Ser | Gly | Tyr | Glu | Val | His | His | Gln | Lys | Leu | Val | Phe | Phe | Ala | Glu | Asp | Val | Gly | Ser | Asn | Lys | Gly | Ala | Ile | Ile | Gly | Leu | Met | Val | Gly | Gly | Val | Val | Ile | Ala |