- METTL18-mediated histidine methylation of RPL3 modulates translation elongation for proteostasis maintenance（eLife，2022/06/20）
- DNAとRNAのいろいろな姿（本サイト） ｜ コドンと遺伝暗号表
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7f5sのChain LB・L5の塩基番号1590～1600（リボソームタンパク質とmRNAの複合体） 残基番号245・塩基番号1595の番号表示／空間充填 バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
リボソームタンパク質とmRNAの複合体7f5sChain LB・L5（塩基番号1590～1600のみ）；His245・G1595については理研プレスリリース図2参照
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- 今月の分子 274: 植物ホルモン受容体DWARF14（Phytohormone Receptor DWARF14）（PDBj，2022/10） ｜ Molecule of the Month（PDB） ※紹介PDBデータから5dj5を下掲，「今月の分子 273」は旧JmolトピックNo.738に
- 植物ホルモン受容体 - 光合成事典
- 本サイト内“植物ホルモン”Google検索結果
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7mwn（WIN 55,212-2が結合した植物ホルモン受容体） WI5（WIN 55,212-2）選択 同PDBsumデータ7mwnA_lp$ 5dj5のChain A（ストリゴラクトンGR24が結合した植物ホルモン受容体DWARF14） 同PDBsumデータ5dj5_GR2$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
WIN 55,212-2が結合した植物ホルモン受容体7mwnとそのPDBsumデータ（別研究の6pt0との比較 → GPCR）
ストリゴラクトンGR24が結合した植物ホルモン受容体DWARF14 5dj5のChain A
- EAAT2構造の別研究
- Structural insights into human excitatory amino acid transporter EAAT2（bioRxiv，2021/11/03） ※2022/06/22公開PDBデータ7vr7（下掲）・7vr8
- グルタミン酸トランスポーター - Wikipedia
- 別トピック（本サイト；グルタミン酸トランスポーターホモログ）
［Excitatory amino acid transporter 2 - Wikipedia，WAY-213,613 - Wikipedia］
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7xr6のChain A（WAY-213613が結合したグルタミン酸トランスポーター2〈EAAT2〉） GJ0（WAY-213613）選択 同PDBsumデータ7xr6A_lp$ 7vr7（WAY-213613が結合したグルタミン酸トランスポーター2〈EAAT2〉） 同PDBsumデータ7vr7_GJ0$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
WAY-213613が結合したグルタミン酸トランスポーター2（EAAT2）7xr6のChain AとそのPDBsumデータ
同7vr7とそのPDBsumデータ
［DNA repair - Wikipedia］
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1jey（Kuタンパク質〈2本鎖切断DNA修復タンパク質；Ku70，Ku80〉／DNA複合体） 7otw（AZD7648が結合したDNA依存性プロテインキナーゼ触媒サブユニットDNA-PKcs） 同PDBsumデータ7otw_MBW$ → 別トピック バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
Kuタンパク質（2本鎖切断DNA修復タンパク質；Ku70，Ku80）／DNA複合体1jey；右はPyMOLによる表示例
AZD7648が結合したDNA依存性プロテインキナーゼ触媒サブユニットDNA-PKcs 7otwとそのPDBsumデータ（リガンドがそれぞれNU7441・ATPγS・wortmannin・M3814のデータとの比較）
- Structural basis for heme detoxification by an ATP-binding cassette－type efflux pump in gram-positive pathogenic bacteria（PNAS，2022/06/29）
- KEGG PATHWAY: ssd02010
- ヘモグロビン（本サイト）
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7w7dのChain A-D（ABCトランスポーターHrtBA） HEM（ヘム）選択 同PDBsumデータ7w7dBD_lp$ ｜ PDBsumデータ7w7bBD_lp$ PDBsumデータ7w7aBD_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ヘムが結合したABCトランスポーターHrtBA 7w7dのChain A-DとそのPDBsumデータ（7w7b・7w7aとの比較）
- 田中陵二，「光る石 北海道石 新鉱物Hokkaidoiteはっけん記」（たくさんのふしぎ 2024年8月号），福音館書店(2024) [NEW!] …この本のデータは今後追記します。
- 今月の新刊エッセイ｜田中陵二さん『石は元素の案内人』 - ふくふく本棚（福音館書店，2024/01/10） [NEW!]
- 結晶美術館 ｜ 写真周期表
- 別トピック（本サイト，北海道石） ｜ 金属原子を含む生体分子のSITEデータ集！ ｜ 2014年は世界結晶年！ ｜ 川上モデル｜分子・結晶・リガンド模型 ｜ 元素・分子が登場する本を読もう！
★同書新版裏表紙の「北海道石」を日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2023（テレコムセンタービル，11/18-19）でブース展示し，11/19の13:00-15:00には発見メンバーの田中陵二さんに解説していただきました。★田中陵二さんをゲストにお迎えして第118回サイエンスカフェにいがた『ふしぎな新鉱物「北海道石」を知ろう！ 楽しもう！』（2024/04/22）を開催し，「北海道石」実物をご覧いただきました。
塩化ナトリウムの結晶構造
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p.2・5・6・10・17・32ほか 〈表紙・p.4ほか〉 塩化ナトリウム： 塩化ナトリウム（sodium chloride，NaCl）の結晶構造 ｜ ダイヤモンド，石英（水晶），窒化ガリウム，塩化ナトリウムの結晶構造の同時表示 p.12 〈p.12〉 雪の結晶： 水（氷，雪）の結晶構造 水素結合着色表示 p.12・14・17ほか 〈p.12ほか〉 水晶（石英；二酸化ケイ素）： 左水晶 右水晶 → 二酸化ケイ素の結晶構造 左水晶と右水晶のキラリティー p.13 グラファイト 〈p.13〉： グラファイト（graphite，黒鉛） → フラーレン p.17・24ほか 〈p17.ほか〉 鉄： 鉄（体心立方格子） ｜ 鉄（面心立方格子構造の結晶） p.19ほか 〈p.23・41ほか〉 金： 金（Au） ｜ 金（Au）・銀（Ag）・銅（Cu）の結晶構造同時表示 p.27 銅 〈p33.ほか〉： 銅（Cu） p.36 ビスマス 〈p40〉： → 参考：別トピック 〈p.34ほか〉 ヨウ素： → 参考：甲状腺ホルモンと受容体 〈p.45〉 水銀： → 参考：水銀Hgを含む生体分子のSITE例 〈p.45〉 銀： 銀（Ag） 〈裏表紙〉 北海道石： 北海道石の結晶成分ベンゾ[ghi]ペリレン（benzo[ghi]perylene） ｜ ベンゾ[ghi]ペリレン（benzo[ghi]perylene）とコロネン（coronene）の同時表示 ｜ ベンゾ[ghi]ペリレン，ダイヤモンド，グラファイトの同時表示 ∥ 炭素色を●に バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺
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左から 塩化ナトリウム（NaCl），金（Au），金・銀・銅の結晶構造同時表示
28分子からなる氷構造（H2O）
左水晶と右水晶（SiO2）
炭素（C）の同素体の例（ダイヤモンド，グラファイト，フラーレン，カーボンナノチューブの部分構造例）
鉄（Fe）の体心立方格子と面心立方格子構造の結晶）
［左］ベンゾ[ghi]ペリレン（benzo[ghi]perylene） ［右］同分子とコロネン（coronene）の同時表示（●は炭素）
ベンゾ[ghi]ペリレンとダイヤモンドとグラファイトの同時表示（アニメgifで●は炭素）およびその3Dプリンタ模型（スタジオミダス製作）
左から 日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2023での北海道石展示（上掲書著者の田中さんのご協力による），
同解説パネル，ベンゾ[ghi]ペリレン・コロネン・ピセンを含む展示鉱石
※日本コンピュータ化学会2023秋季年会一般公開イベント（2023/11/26，高松市 レクザムホール）でも展示させていただきました。 → 会場写真
- オーキシン - Wikipedia
- オーキシン - 光合成事典
- 今月の分子 110: オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ（Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase）（PDBj，2009/02） ｜ Molecule of the Month（PDB）
［Auxin - Wikipedia，PIN proteins - Wikipedia］
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7qpcのChain A（オーキシントランスポーター） E7O（ナプタラム）選択 同PDBsumデータ7qpcA_lp$ ｜ PDBsumデータ7qpaA_lp（インドール-3-酢酸）$ インドール-3-酢酸（indole-3-acetic acid，IAA；植物ホルモンのオーキシンの例） dBET1$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］ナプタラム（naptalam）が結合したオーキシントランスポーター7qpcのChain AとそのPDBsumデータ（インドール-3-酢酸結合の7qpaとの比較）
［右］植物ホルモンのオーキシンの例インドール-3-酢酸（indole-3-acetic acid；IAA）
［Serine hydroxymethyltransferase - Wikipedia］
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7v3dのChain A（セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ） 5M5（(+)-SHIN-1）選択 同PDBsumデータ7v3dA_lp$ ｜ PDBsumデータ7x5oB_lp（5-メチルテトラヒドロ葉酸）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
(+)-SHIN-1が結合したセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ（SHMT）7v3dのChain AとそのPDBsumデータ（5-メチルテトラヒドロ葉酸結合の7x5oとの比較）
［Nitric oxide synthase - Wikipedia］
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7uaoのChain A・B（一酸化窒素合成酵素） M5L（compound 20）選択 同PDBsumデータ7uao_M5L$ 同7uaoA_lp（LigPlot+による）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
一酸化窒素合成酵素7uaoのChain A・BとそのPDBsumデータ（LigPlot+によるものとの比較；I'/O'値は同じ）
［Glucose-6-phosphate dehydrogenase - Wikipedia］
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7sniのChain A（グルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ） BG6（β-D-グルコース-6-リン酸）選択 同PDBsumデータ7sniA_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
β-D-グルコース-6-リン酸（G6P）とNADP+が結合したグルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ7sniのChain AとG6PのPDBsumデータ