- 下掲PDB 6E10の論文：Malaria parasite translocon structure and mechanism of effector export（Nature，2018/08/27）
- PTEX関連記事例：医学：PTEXはマラリアタンパク質の輸送に必須である（Nature ハイライト，2014/07/31）
- 別トピック（本サイト，マラリア関連）[1]・[2]・[3]
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
マラリア原虫PTEXの中心部分6e10（α炭素のみ）
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
●ヒトの必須・非必須区別
ILE LEU VAL PHE MET TRP LYS HIS THR ARG ALA PRO CYS TYR GLY GLU GLN ASP SER ASN
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- ヒト肺炎病原菌で感染の鍵となる分子の構造を解明～マイコプラズマ・ニューモニエの接着、滑走、抗原性変化のタンパク質～（大阪市立大学，2020/10/14） ※2017/03/22公開6rc9・6rj1・6tlz（下掲）・6tm0・7bwm
- Immunodominant proteins P1 and P40/P90 from human pathogen Mycoplasma pneumoniae（Nature Communications ，2020/10/14）
- 2c型および 2j型のP1細胞接着タンパク質を持つ肺炎マイコプラズマ株の増加（国立感染症研究所，2023/06/20） ※“肺炎マイコプラズマ（Mp）は遺伝子型によって1型と2型の系統に分類できる。2つの系統間では感染性に必須な細胞接着タンパク質P1とP40/P90にも違いがある”。
- マイコプラズマ肺炎とは（国立感染症研究所） ※“抗菌薬による化学療法が基本であるが、ペニシリン系やセフェム系などのβ‐ ラクタム剤は効果がなく、マクロライド系やテトラサイクリン系、ニューキノロン系薬剤が用いられる。一般的には、マクロライド系のエリスロマイシン、クラリスロマイシンなどを第一選択とするが、学童期以降ではテトラサイクリン系のミノサイクリンも使用される”。
- 【新薬】ラスクフロキサシン（ラスビック） 2つの標的酵素を同程度阻害する新規キノロン薬（日経メディカル，2019/11/22） ※“〈適応菌種〉LSFX感性のブドウ球菌属、レンサ球菌属、肺炎球菌、モラクセラ（ブランハメラ）・カタラーリス、クレブシエラ属、エンテロバクター属、インフルエンザ菌、レジオネラ・ニューモフィラ、プレボテラ属、肺炎マイコプラズマ（マイコプラズマ・ニューモニエ）。”，“ラスクフロキサシン（LSFX）は国内で開発されたキノロン系薬であり、キノロン標的酵素（細菌のDNA複製に必須のDNAジャイレースおよびトポイソメレースⅣ）に対する阻害活性を有する”。
- 抗生物質分子データ集（本サイト）
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6tlzのChain A（マイコプラズマ・ニューモニエの接着タンパク質P40/P90構造例） 同PDBsumデータ6tlz_BGC-GAL-SIA$ エリスロマイシン（erythromycin） クラリスロマイシン（clarithromycin） ミノサイクリン（minocycline） ラスクフロキサシン（lascufloxacin） ※治療薬ラスビック（Lasvic）はラスクフロキサシン塩酸塩 ［医療用医薬品 : ラスビック - KEGG］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
マイコプラズマ・ニューモニエの接着タンパク質P40/P90構造例6tlzのChain AとPDBsumデータ
ラスクフロキサシン（lascufloxacin）
- Total Synthesis of Euphorbialoid A（Journal of the American Chemical Society，2024/12/02） [NEW!]
- 東大、「ユーフォルビアロイドAの全合成」について発表（日経，2024/12/02） [NEW!]
- 4種のエステルが密集したテルペノイド：ユーフォルビアロイドAの世界初の全合成（Chem-Station，2025/01/02） [NEW!]
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CPK色 Jmol色 Rasmol色 背景・黒 灰 白 紺 |
ユーフォルビアロイドA（euphorbialoid A）
I = 645, O = 760, I/O = 0.849
- β-Blocker Use and Delayed Onset and Progression of Huntington Disease（JAMA Neurology，2024/12/02） [NEW!] ※“metoprolol (n=56), bisoprolol (n=36), nebivolol (n=9), carvedilol (n=4), atenolol (n=4), betaxolol (n=3), sotalol (n=1), labetalol (n=1), and nadolol (n=1)”中のcarvedilol（カルベジロール）と同分子含むPDBデータ例を下掲
- 交感神経β受容体遮断薬 - Wikipedia ｜ カルベジロール ｜ ハンチントン病
- β遮断薬の解説｜日経メディカル処方薬事典
- GPCR（本サイト）
I = 385, O = 480, I/O = 0.802
［Carvedilol - Wikipedia］
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カルベジロール（carvedilol） 6ps3（β2アドレナリン受容体（β2AR）；カルベジロールが結合） CVD（カルベジロール）選択 Chain BをChain色に 同PDBsumデータ6ps3_CVD$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
カルベジロール（carvedilol）
PDBデータ6prz～6ps6（β2アドレナリン受容体，カルベジロール結合の6ps3を上掲）・6ps7（アデノシンA2A受容体）・6ps8（メラトニン受容体MT1）
※6prz～6ps6の文献：Toward G protein-coupled receptor structure-based drug design using X-ray lasers（IUCrJ，2019/10/24）
→ GPCR（本サイト）
- Kinesin-like motor protein KIF23 maintains neural stem and progenitor cell pools in the developing cortex（The EMBO Journal，2024/12/04） [NEW!]
- 下掲3vhxの文献：Structural basis for Arf6-MKLP1 complex formation on the Flemming body responsible for cytokinesis（The EMBO Journal，2012/04/20）
- 小頭症 - MSDマニュアル家庭版
- 小頭症 (ジカウイルス感染症の関連を含む) - 厚生労働省検疫所 → 参考Jmolで見るジカウイルス（本サイト）
- 小頭症 - Wikipedia
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3vhxのChain B・D《695-800》（Kif23構造例） AlphaFold構造 Q02241《1-960；PDB AF_AFQ02241F1〈cif形式データ〉をcif→pdb変換》 アミノ酸残基1-694・801-960（無秩序・非構造化領域）選択 → AlphaFold/AlphaFold2/AlphaFold3構造の利用 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］Kif23（MKLP1）構造例 3vhxのChain B・D
［右］AlphaFold構造 Q02241 → AlphaFold/AlphaFold2/AlphaFold3構造の利用
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※3vhxのChain B・Dのアミノ酸配列（I/O値順，特性基 R）《695-800》
| 695-700 | Asp | Gln | Asn | Ala | Pro | Pro | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 701-750 | Ile | Arg | Leu | Arg | His | Arg | Arg | Ser | Arg | Ser | Ala | Gly | Asp | Arg | Trp | Val | Asp | His | Lys | Pro | Ala | Ser | Asn | Met | Gln | Thr | Glu | Thr | Val | Met | Gln | Pro | His | Val | Pro | His | Ala | Ile | Thr | Val | Ser | Val | Ala | Asn | Glu | Lys | Ala | Leu | Ala | Lys |
| 750-800 | Cys | Glu | Lys | Tyr | Met | Leu | Thr | His | Gln | Glu | Leu | Ala | Ser | Asp | Gly | Glu | Ile | Glu | Thr | Lys | Leu | Ile | Lys | Gly | Asp | Ile | Tyr | Lys | Thr | Arg | Gly | Gly | Gly | Gln | Ser | Val | Gln | Phe | Thr | Asp | Ile | Glu | Thr | Leu | Lys | Gln | Glu | Ser | Pro | Asn |
- 赤芽球性プロトポルフィリン症およびX連鎖性プロトポルフィリン症の治療薬として開発中のMT-7117について第3相臨床試験を開始（田辺三菱製薬，2020/06/15）
- 新規MC1R作動薬MT-7117（dersimelagon phosphoric acid）の創製（MEDCHEM NEWS/33 巻 (2023) 3 号） ※“「カルボン酸の導入」「フッ素原子の導入」および「3級アミド化合物への変換」により…”。
I = 555, O = 740, I/O = 0.750
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CPK色 Jmol色 Rasmol色 背景・黒 灰 白 紺 |
MT-7117（dersimelagon）
- エムポックス薬の備蓄検討 厚労省、部会が承認了承（日経，2024/12/06） [NEW!]
- エムポックス治療薬「テポックス」が国内初承認（日経メディカル，2025/01/08） [NEW!]
- エムポックスとは（国立感染症研究所）
- エムポックスについて｜厚生労働省
- エムポックス - Wikipedia
- 下掲参考データ8cetの論文：Discovery and structural characterization of monkeypox virus methyltransferase VP39 inhibitors reveal similarities to SARS-CoV-2 nsp14 methyltransferase（Nature Communications，2024/04/20） ※他に8b07・8ceq・8cer・8ces・8cev・8cgbあり
I = 472, O = 395, I/O = 1.195
［Tecovirimat - Wikipedia，Mpox - Wikipedia］
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テコビリマット（テコビリマト，tecovirimat） ※参考（エムポックス〈mpox〉ウイルス由来タンパク質例）：8cetのChain A（阻害剤TO507が結合したエムポックス〈mpox〉ウイルスのメチルトランスフェラーゼVP39） 同PDBsumデータ8cet_UGR$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
テコビリマット（テコビリマト，tecovirimat）
阻害剤TO507が結合したエムポックス（mpox）ウイルスのメチルトランスフェラーゼVP39 8cetのChain AとPDBsumデータ
表 いろいろなウイルス（DNAウイルスとRNAウイルス）
◎以下を編集：吉開泰信 編，「ウイルス・細菌と感染症がわかる」，p.37，羊土社(2004)
（ ）は新興感染症の出現年：竹田美文・岡部信彦，「SARSは何を警告しているのか」，岩波ブックレット(2003)
SARS-CoV-2ほかを加筆；なお以下の分類等は変更になっている場合もある
# 最近のICTVレポートでは，ヘパドナウイルス科とレトロウイルス科は，『逆転写を行うDNAおよびRNAウイルス』として同じカテゴリに分類されている。
分類
例
主なDNAウイルス
ポックスウイルス科
エムポックス〈mpox，サル痘〉（1970）
ヘルペスウイルス科
※鯉ヘルペス
アデノウイルス科
パピローマウイルス科
（ポリオーマウイルス科も酷似）子宮頸がん；ヒトパピローマウイルス〈HPV〉による → 別トピック
ヘパドナウイルス科 #
B型肝炎
パポバウイルス科
主なRNAウイルス
パラミクソウイルス科
麻疹，ニパウイルスによる脳炎（1998）
オルトミクソウイルス科
（オルソミクソウイルス科）インフルエンザ → 鳥インフルエンザ（高病原性H5N1型は1959年）＆新型インフルエンザ情報
コロナウイルス科
SARS（2002） → SARSと抗ウイルス薬
SARS-CoV-2（2019） → 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報
アレナウイルス科
ラッサ熱
レトロウイルス科 #
〈逆転写，レンチウイルス属〉AIDS（1983） → HIVとエイズ
〈一本鎖，デルタレトロウイルス属〉HTLV-1関連症候群（1980） → HTLV-1情報
フィロウイルス科
エボラ出血熱（1977） → 2014年にエボラ出血熱感染拡大
レオウイルス科
ロタ
ピコルナウイルス科
ポリオ，A型肝炎
カリシウイルス科
ノロ
ラブドウイルス科
狂犬病 → 別トピック
フラビウイルス科
（トガウイルス科も酷似）日本脳炎，ウエストナイル熱，デング熱，
C型肝炎（1989） → 別トピック〈B型肝炎記事含む〉
※豚コレラ
ブニヤウイルス科
※参考：デビッド・クアメン 著・甘糟智子 訳，「スピルオーバー ウイルスはなぜ動物からヒトへ飛び移るのか」，明石書店(2021)
※参考：ウイルス図鑑，ウイルスの分類 - Wikipedia
- 抗がん剤「タスフィゴ®錠35mg」（一般名：タスルグラチニブコハク酸塩） 日本においてFGFR2 融合遺伝子を有する胆道がんに係る効能・効果で製造販売承認を取得（エーザイ，2024/09/24） [NEW!]
- FGFR2融合遺伝子陽性の胆道癌に3剤目の経口薬（日経メディカル，2024/10/11） [NEW!]
- タスルグラチニブ、FGFR2融合遺伝子陽性胆道がんに承認／エーザイ（ケアネット，2024/10/02） [NEW!]
I = 870, O = 640, I/O = 1.359
［タスルグラチニブ - KEGG DRUG］
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タスルグラチニブ（tasurgratinib） ※参考（タスルグラチニブ結合タンパク質例）：8ykiのChain A（タスルグラチニブ〈tasurgratinib〉が結合した線維芽細胞増殖因子受容体1；cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8yki_lp$ → 別トピック バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］タスルグラチニブ（tasurgratinib）
［右］本ページ掲載分子の有機概念図（euphorbialoid A，carvedilol，MT-7117，tecovirimat，tasurgratinib）
参考データ：タスルグラチニブ（tasurgratinib）が結合したFGFR1 8ykiのChain AとそのPDBsumデータ
→ 別トピック
- Molecular basis for the diversification of lincosamide biosynthesis by pyridoxal phosphate-dependent enzymes（Nature Chemistry，2024/12/06） [NEW!]
- 抗生物質を含むPDBデータ（本サイト） ｜ 別トピック（PLP）
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8kdkのChain A（PLP〈ピリドキサール5'-リン酸〉類縁体が結合したCcbF構造例） PLP選択 同PDBsumデータ8kdkA_LLP（PLP）$ リンコマイシン（lincomycin，リンコマイシン系） PLP（ピリドキサール5'-リン酸，pyridoxal 5'-phosphate） → 別トピック バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］リンコマイシン（lincomycin） ［右］PLP（ピリドキサール5'-リン酸，pyridoxal 5'-phosphate）
PLP（ピリドキサール5'-リン酸）類縁体が結合したPLP依存性酵素CcbF構造例8kdkのChain AとPDBsumデータ
参考データ：左から PLP（ピリドキサール5'-リン酸）が結合したオルニチン脱炭酸酵素G84R変異体7u6uのChain AとPDBsumデータ，
PLPが結合したシスタチオニン-β-シンターゼ 8s5lのChain BとPDBsumデータ
→ 別トピック
［Polyketide synthase - Wikipedia］
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7s6cのChain A・B・D（ポリケチド合成酵素） 同PDBsumデータ7s6c_PNS（4'-ホスホパンテテイン〈4'-phosphopantetheine〉）$ エリスロマイシン（erythromycin） テトラサイクリン（tetracycline） ラパマイシン（rapamycin） → 別トピック ドキソルビシン（doxorubicin） → 話題の制がん剤・抗がん剤 アベルメクチンの例：アベルメクチンB1a（エバーメクチンB1a，avermectin B1a） → 別トピック ※参考（上掲記事に載っていないポリケチド合成酵素例）：6kxf（II型ポリケチド合成酵素〈II型ポリケタイド合成酵素〉） 同PDBsumデータ6kxf_DYF$ → 別トピック バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
4'-ホスホパンテテインが結合したポリケチド合成酵素7s6cのChain A・B・DとPDBsumデータ
