◆ Jmolで見るトピックス分子(28-4) ◆

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1201-12101211-12201221-12301231-12401241-12501251-12601261-12701271-12801281-12901291-1300
1301-13101311-13201321-13301331-13401341-13501351-13601361-13701371-1380
Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。


  1. Substrate selectivity of the human RNA m5C methyltransferase NSUN2(Nature,2026/05/27) [NEW!] ※2026/04/08公開9z2n・9z2o・9z2p・9z2q・9z2r(下掲)・9z2t・9z2u・9z2w・9z3d

    sinefungin(シネフンギン)が結合したRNA修飾酵素NSUN2 9z2r
    9z2r(RNA修飾酵素NSUN2) 同PDBsumデータ9z2r_lp$

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    sinefungin(シネフンギン)が結合したRNA修飾酵素NSUN2 9z2r



    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. A first-in-class pulsatile FXR agonist for bile-acid-related liver diseases(Nature,2026/06/10) [NEW!] ※2025/08/06公開9lq3(下掲)

    リナフェキソル(linafexor)が結合したファルネソイドX受容体(FXR)9lq3
    9lq3(リナフェキソル〈linafexor〉が結合したファルネソイドX受容体,cif→pdb変換) 同PDBsumデータ9lq3_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    リナフェキソル(linafexor)が結合したファルネソイドX受容体(FXR)9lq3


  3. FDA Approves First Oral PCSK9 Inhibitor to Lower LDL Cholesterol in Adults with High Cholesterol(FDA,2026/07/17) [NEW!] ※“The U.S. Food and Drug Administration approved Lipfendra (enlicitide)…”

    エンリシチド(enlicitide)
    I = 2890, O = 1625, I/O = 1.778
    (下掲PDBデータをPyMOLによりH原子付加してmol形式で保存,cif→pdb変換
    エンリシチド(enlicitide) I/O = 1.778
    ※エンリシチド結合タンパク質:10sbのChain B・D(PCSK9) Chain D選択 同Chain D(エンリシチド)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      Fasta: 10SB_3|Chain C[auth D]|XAXXWPTYX
       X  Ala  X   X  Trp Pro Thr Tyr  X 

      
    [左]エンリシチド(enlicitide;下掲PDBデータをPyMOLによりH原子付加してmol形式で保存)
    [中・右]エンリシチド結合タンパク質PCSK9 10sbのChain B・DとChain D(エンリシチド)


  4. Targeting Conformational Flexibility of a Reactive Intermediate to Enhance Selectivity of a GABA Aminotransferase Inactivator(Journal of the American Chemical Society,2026/02/19) [NEW!] ※2026/07/22公開9y3k・9y3m(下掲)・9y53

    CPP115によって不活性化されたヒトオルニチンアミノトランスフェラーゼ9y3mのChain A(cif→pdb変換
    9y3mのChain A(CPP115によって不活性化されたヒトオルニチンアミノトランスフェラーゼ) 同PDBsumデータ9y3m_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    CPP115によって不活性化されたヒトオルニチンアミノトランスフェラーゼ9y3mのChain AとPDBsumデータ


  5. 大塚製薬のADHD治療薬、FDAが承認 米国で26年中に発売(日経,2026/07/27) [NEW!] ※“センタナファジン(製品名シントリオ)”

    センタナファジン(centanafadine)
    I = 150, O = 300, I/O = 0.500
    Centanafadine - Wikipedia
    センタナファジン(centanafadine) I/O = 0.500
    ※センタナファジン結合タンパク質:9j6t(ドーパミントランスポーター〈Sodium-dependent dopamine transporter〉,cif→pdb変換) 同PDBsumデータ9j6t_lp$ [Dopamine transporter - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]センタナファジン(centanafadine)
    [中・右]センタナファジンが結合したドーパミントランスポーター9j6tとPDBsumデータ
    9j6t


  6. 新刊紹介: 佐藤健太郎,「人に話したくなる数字と科学の話」,文春新書(2026) [NEW!]


    初期表示はチチン(titin,PDBデータ8g4l〈α炭素のみ,ミオシンフィラメント含む〉;p.20ほか
    ※参考:今月の分子 185: タイチン(Titin)(PDBj,2015/05)
    p.16ほか アミノ酸:アミノ酸20種全表示(有機概念図I/O値順,pdb形式)@ → 20種類のアミノ酸
    p.20 チチン:8g4l(α炭素のみ,ミオシンフィラメント含む) titin(Chain an・bm・bn・m・n)選択
    p.21 フェニルチオカルバミド(PTC):フェニルチオカルバミド(:phenylthiocarbamide,PTC)
    p.58 イブプロフェン:イブプロフェン(ibuprofen) → Jmolトピック
    p.69 PQQ:PQQ → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン
    p.116 メタン:メタン(methane) | 京都議定書で削減対象となったガス6種の同時表示:二酸化炭素,メタン,一酸化二窒素,HFC(HFC-23),PFC(C2F6),SF6気候変動と適応
    p.117 3-NOP:3-NOP(3-ニトロオキシプロパノール,3-nitrooxypropanol) → Jmolトピック
    p.140 ユーカリの毒/フロログルシノール類:シデロキシロナールA(sideroxylonal A〈他にB・Cあり〉;ユーカリ毒の例,フロログルシノール構造含む)
    p.161 セレン/p.162 グルタチオンペルオキシダーゼ:1gp1(グルタチオンペルオキシダーゼ)のChain A SE7(Se含む)選択 → 生体分子の構成元素
    p.167 カーボンナノチューブ:カーボンナノチューブ(carbon nanotube,アームチェア型の例) → フラーレン
    p.288 電子の箱:オクタフルオロキュバン(octafluorocubane) → 「元素楽章」登場分子を動かそう!!

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    20種類のアミノ酸(有機概念図のI/O値順;有機概念図簡易計算機参照)


    チチン(titin)含むミオシンフィラメント8g4l(α炭素のみ) → Nature論文(2023/11/01)
    ※参考(titin言及記事例):Lab BRAINS記事(2024/08/19)

          
    左から フェニルチオカルバミド(:phenylthiocarbamide,PTC),
    3-NOP(3-ニトロオキシプロパノール,3-nitrooxypropanol),
    PQQ,
    シデロキシロナールA(sideroxylonal A〈他にB・Cあり〉;ユーカリ毒の例,フロログルシノール構造含む)


    グルタチオンペルオキシダーゼ1gp1(リガンドにSe含む)のChain A


    カーボンナノチューブ(carbon nanotube,CNT;アームチェア型の例)


    オクタフルオロキュバン(octafluorocubane)
    I/O = 0.500


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