ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。


sinefungin(シネフンギン)が結合したRNA修飾酵素NSUN2 9z2r

初期表示はチチン(titin,PDBデータ8g4l〈α炭素のみ,ミオシンフィラメント含む〉;p.20ほか)


リナフェキソル(linafexor)が結合したファルネソイドX受容体(FXR)9lq3
I = 2890, O = 1625, I/O = 1.778
(下掲PDBデータをPyMOLによりH原子付加してmol形式で保存,cif→pdb変換)
Fasta: 10SB_3|Chain C[auth D]|XAXXWPTYX
X
Ala
X
X
Trp
Pro
Thr
Tyr
X


[左]エンリシチド(enlicitide;下掲PDBデータをPyMOLによりH原子付加してmol形式で保存)
[中・右]エンリシチド結合タンパク質PCSK9 10sbのChain B・DとChain D(エンリシチド)


CPP115によって不活性化されたヒトオルニチンアミノトランスフェラーゼ9y3mのChain AとPDBsumデータ
I = 150, O = 300, I/O = 0.500
[Centanafadine - Wikipedia]


[左]センタナファジン(centanafadine)
[中・右]センタナファジンが結合したドーパミントランスポーター9j6tとPDBsumデータ
9j6t
◆本サイト内の関連ページ
p.14 :糖鎖 → 糖タンパク質データ集
p.14ほか :新型コロナ → 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報
p.16 アミノ酸の種類は20種 → 20種類のアミノ酸
p.17・25ほか :DNA → DNAとRNAのいろいろな姿
p.32ほか 嗅覚受容体: → Jmolトピック
p.45 天然痘ウイルス/生物兵器: → NBCテロ
p.49ほか 帯状疱疹: → Jmolトピック
p.49ほか 認知症: → Jmolトピック
p.55 トキソプラズマ: → Jmolトピック
p.61・62 「やせ薬」/オゼンピック/ウゴービ/マンジャロ(チルゼパチド): → Jmolトピック
p.67ほか ビタミンの種類 13種/PQQ: → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン
p.116 メタンの温暖化係数: → 気候変動と適応
p.120 人新世 → 人新世(アントロポシーン/アントロポセン)情報
p.152 国際周期表年 → Jmolトピック
p.153 ニホニウム → 第113回サイエンスカフェにいがた『ニホニウムとめくるめく元素の世界 −国際周期表年に』(2019/10/05)
p.158 ヨウ素 → 甲状腺ホルモン結合タンパク質
p.74 Gタンパク質共役受容体TGR5: → GPCR - 2012年ノーベル化学賞
p.76ほか 光合成: → 光合成に関係する生体分子のSITE
p.79ほか シアノバクテリア: → 光合成に関係する生体分子のSITE
p.85 アスガルド古細菌: → GPCR関連ニュース
p.100 ESCRT: → Jmolトピック
p.115ほか 根粒菌/窒素固定・p.130 ニトロゲナーゼ: → 窒素から見る生命の世界
p.121 マイコプラズマ: → Jmolトピック
p.131 MAPK: → Jmolトピック
p.131 ヘモグロビン: → ヘモグロビン
p.131 RuBisCO: → Jmolトピック
p.136 ヒトゲノム: → ヒトゲノムマップに見るタンパク質
p.137 エイズウイルス(HIV): → HIVとエイズ
p.144 miRNA: → Jmolトピック
p.144ほか 転写因子・p.145 :Oct4 → Oct1/Sox2/DNA 複合体
p.184ほか 神経伝達物質: → 抗うつ剤と神経伝達物質
p.185 シナプス: → Jmolトピック
p.188 性フェロモン: → Jmolトピック
p.198ほか 細胞性粘菌/ホコリカビ : → Jmolトピック
p.203ほか チューブワーム: → チューブワーム関連データのSITE例
p.204 熱水噴出孔: → 生命を知り生命に学ぶ
p.208 エピジェネティクス: → Jmolトピック
※参考:今月の分子 185: タイチン(Titin)(PDBj,2015/05)

20種類のアミノ酸(有機概念図のI/O値順;有機概念図簡易計算機参照)
チチン(titin)含むミオシンフィラメント8g4l(α炭素のみ) → Nature論文(2023/11/01)
※参考(titin言及記事例):Lab BRAINS記事(2024/08/19)

左から フェニルチオカルバミド(:phenylthiocarbamide,PTC),
3-NOP(3-ニトロオキシプロパノール,3-nitrooxypropanol),
PQQ,
シデロキシロナールA(sideroxylonal A〈他にB・Cあり〉;ユーカリ毒の例,フロログルシノール構造含む)
グルタチオンペルオキシダーゼ1gp1(リガンドにSe含む)のChain A
カーボンナノチューブ(carbon nanotube,CNT;アームチェア型の例)
オクタフルオロキュバン(octafluorocubane)
I/O = 0.500