◆ Jmolで見るトピックス分子（26-1） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記　→ No.571（環境ホルモン） ｜ No.979（カプサイシン受容体） ｜ No.1046（ディールス・アルドラーゼ）

  1. Molecular mechanisms of uric acid transport by the native human URAT1 and its inhibition by anti-gout drugs（bioRxiv，2024/09/11） [NEW!]　※2024/10/16公開9jdv・9jdy・9jdz（下掲）・9je0・9je1

    レシヌラド（lesinurad）が結合した尿酸トランスポーターURAT1 9jdz（cif→pdbデータ変換）
    ［SLC22A12 - Wikipedia，Lesinurad - Wikipedia］
    		9jdz（レシヌラド〈lesinurad〉が結合した尿酸トランスポーターURAT1）　同PDBsumデータ9jdz_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    レシヌラド（lesinurad）が結合した尿酸トランスポーターURAT1 9jdzとPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG
      ●ヒトの必須・非必須区別
      ILE　LEU　VAL　PHE　MET　TRP　LYS　HIS　THR　ARG　ALA　PRO　CYS　TYR　GLY　GLU　GLN　ASP　SER　ASN


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. オリーブに含まれる天然化合物が肥満や2型糖尿病の治療薬になる可能性、承認済みの治療薬と同等以上の効果を発揮（GIGAZINE，2024/08/11） [NEW!]

    エレノール酸（elenolic acid）
    ［Elenolic acid - Wikipedia］
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    CPK色　Jmol色　Rasmol色
    　
    背景・黒　灰　白　紺


    エレノール酸（elenolic acid）

  3. がっちりマンデー!!全国で愛される儲かり地元アイス！山梨発は年１億本のチョコアイス（TBSテレビ，2024/08/25放送） [NEW!]　※“静岡発！抹茶アイス”のうま味成分として紹介のテアニンを下掲

    L-テアニン（L-theanine）
    ［Theanine - Wikipedia］
    L-テアニン（L-theanine）
    (+)-カテキン（(+)-catechin）　［Catechin - Wikipedia］
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    CPK色　Jmol色　Rasmol色
    　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    L-テアニン（L-theanine）と(+)-カテキン（(+)-catechin）

  4. ピーマンの苦味を感じるメカニズムの一端を解明　同時に卵黄タンパク質がピーマンの苦味を抑制する可能性も示唆（キューピー，2024/03/26）

    クェルシトリン（クエルシトリン，quercitrin）
    　［Quercitrin - Wikipedia］
    		クェルシトリン（クエルシトリン，quercitrin）
    ※以下参考
    クェルシトリン結合PDBデータ例：8dshのChain A（ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ〈NAMPT〉）　同PDBsumデータ8dsh_QCT$
    関連化合物：クェルセチン（ケルセチン，quercetin）　→ 別トピック
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    クェルシトリン（クエルシトリン，quercitrin）と関連化合物クェルセチン（ケルセチン，quercetin）


    クェルセチン（ケルセチン，quercetin）結合PDBデータ例ニコチンアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ（NAMPT）8dshのChain AとそのPDBsumデータ


    ※参考図（クェルセチン〈ケルセチン〉関連）：タマネギの皮媒染綿布の媒染剤の違いによる色彩変化
    → 化学教育データの可視化の試み

  5. 今月の分子 297:炭素回収のしくみ（Carbon Capture Mechanisms）（PDBj，2024/09） [NEW!] ｜ Molecule of the Month（PDB）

    重炭酸輸送体BicA 6ki1のChain A
    		6ki1のChain A（重炭酸イオン CHO3-が結合した重炭酸輸送体BicA）　同PDBsumデータ6ki1_BCT$
    ※ルビスコの例（上記記事の7yyoに代えて）：1geh（古細菌ルビスコ）
    ※炭酸脱水酵素の例（上記記事の8thmに代えて）：5jnaのChain A（炭酸脱水酵素IV）　TOR（トピラマート）選択　同PDBsumデータ5jna_TOR$　　→ 別トピック
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    重炭酸イオン CHO3-が結合した重炭酸輸送体BicA 6ki1のChain AとPDBsumデータ


    古細菌ルビスコ1geh；PDBj記事の7yyoに代えて


    トピラマート（topiramate）が結合した炭酸脱水酵素IV 5jnaのChain AとPDBsumデータ；PDBj記事の8thmに代えて

  6. 細菌の「べん毛」を動かす"回転モーター"の構造を解明　〜サルモネラ菌とビブリオ菌の高解像度比較で細菌の運動性や病原性の制御に寄与〜（名古屋大学，2024/09/10） [NEW!]

    海洋性ビブリオ属細菌のべん毛のSリングの構造 8z4d（α炭素のみ）
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    海洋性ビブリオ属細菌のべん毛のSリングの構造 8z4d（α炭素のみ）

  7. 天然化合物 austocystin D ががん細胞に対して選択的に毒性を発揮するメカニズムを解明　〜新規抗がん薬の開発に向けて〜（東京理科大学，2024/08/26） [NEW!]　※austocystin Dや“シトクロム P450 の一種であるCYP2J2”関連データを下掲

    austocystin D（アウストシスチンD）
    		austocystin D
    AlphaFill構造 P51589（リガンドとしてヘムとロサルタン〈losartan〉が結合したCYP2J2）《1-502》　アミノ酸残基1-27・491-502（無秩序・非構造化領域）選択　同PDBsumデータP51589_lp$ ‖ ロサルタン（losartan）結合P450構造例：5xxi《28-490》（ロサルタンが結合したCYP2C9）　同PDBsumデータ5xxi_LSN[501(A)]$
    ※他のP450のAlphaFill構造例：AlphaFill構造 P08684《1-503；リガンドをヘムとケトコナゾール〈ketoconazole〉》（ヒトのCYP3A4構造）　アミノ酸残基1-29・499-503（2v0mのChain Aの配列以外）α炭素ラベル表示 ‖ 該当PDBデータ例：2v0mのChain A《30-498》（ケトコナゾールが結合したP450 3A4）　KLN[1501(A)]選択　同PDBsumデータ2v0m_KLN[1501(A)]$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    austocystin D（アウストシスチンD）

      
    ［左］CYP2J2構造P51589（ロサルタン〈losartan〉結合）
    ［右］ロサルタンが結合したCYP2C9例5xxi

        
    ［左・中］CYP3A4構造P08684（水色）とケトコナゾール（ketoconazole）が結合した2v0mのChain A（緑色）の重ね合わせの回転動画（タンパク質表面表示）と別動画
    　［右］AlphaFill構造 P08684（黄色）《1-503；リガンドをヘムとケトコナゾールだけに》
    ※ケトコナゾール（ketoconazole）は上掲プレスリリース・論文で言及

    ; 
    上掲左2者の1000万倍3Dプリンタ模型（スタジオミダスによるフルカラー樹脂プリンタでの一括出力（右端は水中，スタジオミダス撮影；川上モデルとは異なります）

      
    ［左］P08684のdisorder部分（2v0mのChain A以外の部分）のα炭素ラベル表示　［中・右］2v0mのChain AとそのPDBsumデータ

  8. 今月の分子 298: アンジオテンシンと血圧（Angiotensin and Blood Pressure）（PDBj，2024/10） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    阻害剤リシノプリル（lisinopril）結合したヒトアンジオテンシン変換酵素1o86
    		1o86（阻害剤リシノプリル〈lisinopril〉が結合したヒトアンジオテンシン変換酵素）　同PDBsumデータ1o86_LPR$　［Lisinopril - Wikipedia］　→ 別トピック
    PDBデータ 2v0zのChain C（高血圧治療薬アリスキレン〈aliskiren〉が結合したレニン）　同PDBsumデータ 2v0z_C41$　［Aliskiren - Wikipedia］
    6os2のChain A・B（アンジオテンシン受容体 AT1R，ナノボディ除く；上掲記事の6os0に代えて）　Chain B（TRV026）選択　→ GPCR
    6m17（ヒトACE2とB0AT1およびSARS-CoV-2のRBDとの複合体）　［Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1 - Wikipedia］　→ 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    阻害剤リシノプリル（lisinopril）が結合したヒトアンジオテンシン変換酵素1o86とPDBsumデータ


    高血圧治療薬アリスキレン（aliskiren）が結合したレニン2v0zのChain CとPDBsumデータ


    アンジオテンシン受容体 AT1R 6os2のChain A・B（ナノボディ除く；上掲記事の6os0に代えて）


    ヒトACE2とB0AT1およびSARS-CoV-2のRBDとの複合体6m17
    　→ 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報

  9. LIN28 Zinc Knuckle Domain Is Required and Sufficient to Induce let-7 Oligouridylation（Cell Reports，2017/05/14）　※2017/03/22公開5udz（下掲）

    ヒトLIN28Aとlet-7f-1マイクロRNAプレエレメントの複合体5udz
    ［LIN28 - Wikipedia，let-7 microRNA precursor - Wikipedia］
    		5udz（ヒトLIN28Aとlet-7f-1マイクロRNAプレエレメントの複合体）　同Chain V（let-7f-1マイクロRNAプレエレメント）
    バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　DNA/RNA（ATGCU，backbone）　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ヒトLIN28Aとlet-7f-1マイクロRNAプレエレメントの複合体5udzとそのChain Vのみ表示

  10. Evidence for the Existence of Elaborate Enzyme Complexes in the Paleoarchean Era（JACS，2013/12/10）　※2013/11/06公開4evz（下掲）

    LUCAのイミダゾールグリセロールリン酸シンターゼのシクラーゼサブユニットHisF 4evzのChain A
    ［Last universal common ancestor - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    LUCAのイミダゾールグリセロールリン酸シンターゼのシクラーゼサブユニットHisF 4evz（synthetic construct）のChain A

      アミノ酸配列（I/O値順およびヒトの必須・非必須区別）
      Met Leu Ala Lys Arg Ile Ile Pro Cys Leu Asp Val Lys Asp Gly Arg Val Val Lys Gly Val Asn Phe Glu Asn Leu Arg Asp Ala Gly Asp Pro Val Glu Leu Ala Ala Arg Tyr Asp Glu Glu Gly Ala Asp Glu Leu Val Phe Leu
      Asp Ile Thr Ala Ser His Glu Gly Arg Glu Thr Met Leu Glu Val Val Glu Arg Thr Ala Glu Gln Val Phe Ile Pro Leu Thr Val Gly Gly Gly Ile Arg Ser Val Glu Asp Ala Ser Arg Leu Leu Arg Ala Gly Ala Asp Lys Val
      Ser Ile Asn Thr Ala Ala Val Lys Asn Pro Glu Leu Ile Thr Glu Ala Ala Glu Glu Phe Gly Ser Gln Ala Val Val Val Ala Ile Asp Ala Lys Arg Val Gly Gly Gly Trp Glu Val Phe Thr His Gly Gly Arg Lys Pro Thr Gly
      Leu Asp Ala Val Glu Trp Ala Arg Lys Val Val Glu Leu Gly Ala Gly Glu Ile Leu Leu Thr Ser Met Asp Arg Asp Gly Thr Lys Ala Gly Tyr Asp Leu Glu Leu Thr Arg Ala Val Ser Glu Ala Val Ser Val Pro Val Ile Ala
      Ser Gly Gly Ala Gly Glu Leu Glu His Phe Ala Glu Val Phe Glu Leu Glu Gly Ala Asp Ala Ala Leu Ala Ala Ser Ile Phe His Phe Gly Glu Ile Thr Ile Arg Glu Val Lys Ala Tyr Leu Arg Glu Arg Gly Ile Glu Val Arg
      Leu Glu His His His His His His

      Met Leu Ala Lys Arg Ile Ile Pro Cys Leu Asp Val Lys Asp Gly Arg Val Val Lys Gly Val Asn Phe Glu Asn Leu Arg Asp Ala Gly Asp Pro Val Glu Leu Ala Ala Arg Tyr Asp Glu Glu Gly Ala Asp Glu Leu Val Phe Leu
      Asp Ile Thr Ala Ser His Glu Gly Arg Glu Thr Met Leu Glu Val Val Glu Arg Thr Ala Glu Gln Val Phe Ile Pro Leu Thr Val Gly Gly Gly Ile Arg Ser Val Glu Asp Ala Ser Arg Leu Leu Arg Ala Gly Ala Asp Lys Val
      Ser Ile Asn Thr Ala Ala Val Lys Asn Pro Glu Leu Ile Thr Glu Ala Ala Glu Glu Phe Gly Ser Gln Ala Val Val Val Ala Ile Asp Ala Lys Arg Val Gly Gly Gly Trp Glu Val Phe Thr His Gly Gly Arg Lys Pro Thr Gly
      Leu Asp Ala Val Glu Trp Ala Arg Lys Val Val Glu Leu Gly Ala Gly Glu Ile Leu Leu Thr Ser Met Asp Arg Asp Gly Thr Lys Ala Gly Tyr Asp Leu Glu Leu Thr Arg Ala Val Ser Glu Ala Val Ser Val Pro Val Ile Ala
      Ser Gly Gly Ala Gly Glu Leu Glu His Phe Ala Glu Val Phe Glu Leu Glu Gly Ala Asp Ala Ala Leu Ala Ala Ser Ile Phe His Phe Gly Glu Ile Thr Ile Arg Glu Val Lys Ala Tyr Leu Arg Glu Arg Gly Ile Glu Val Arg
      Leu Glu His His His His His His
      必須　 = 110
      準必須 = 18
      非必須 = 130
      　計　 = 258
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