◆ Jmolで見るトピックス分子（25-4） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記　→ No.571（環境ホルモン） ｜ No.979（カプサイシン受容体） ｜ No.1046（ディールス・アルドラーゼ）

  1. 抗インフルエンザ薬を脳梗塞の再生医療に（自然科学研究機構 生理学研究所，2024/05/24）

    ザナミビル（zanamivir）
    ［Zanamivir - Wikipedia］
    		ザナミビル（zanamivir）
    ※参考（ザナミビル結合PDBデータ例）：1a4gChain A（ザナミビル〈zanamivir〉が結合したノイラミニダーゼ）　同PDBsumデータ1a4g_ZMR$
    ※参考（上掲記事のシアル酸関連データ）：Sia（例として N-アセチルノイラミン酸；糖鎖に含まれる単糖）　→ 糖タンパク質データ集
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ザナミビル（zanamivir）
    ［中・右］ザナミビル結合ノイラミニダーゼ構造例1a4gのChain AとそのPDBsumデータ


    ザナミビル〔※リレンザ〕を含むPDBデータ1a4gのChain A → 新しい風邪薬・インフルエンザ治療薬

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG
      ●ヒトの必須・非必須区別
      ILE　LEU　VAL　PHE　MET　TRP　LYS　HIS　THR　ARG　ALA　PRO　CYS　TYR　GLY　GLU　GLN　ASP　SER　ASN


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. Dimerization and antidepressant recognition at noradrenaline transporter（Nature，2024/05/15）　※2024/05/29公開8y94・8yr2（下掲）・8y95・8y92・8y8z・8y93・8y90・8y91

    ニソキセチン（nisoxetine）が結合したノルアドレナリントランスポーター8yr2のChain A（cif→pdbデータ変換）
    ［Norepinephrine transporter - Wikipedia，Nisoxetine - Wikipedia］
    		8yr2のChain A（ニソキセチンが結合したノルアドレナリントランスポーター）　41U（ニソキセチン）選択　同PDBsumデータ8yr2_lp$
    8hff（ノルアドレナリン〈noradrenaline〉が結合したノルアドレナリントランスポーター）　同PDBsumデータ8hff_LNR[701(A)]$ ｜ 8hfi（デシプラミン〈desipramine〉が結合したノルアドレナリントランスポーター）　同PDBsumデータ8hfi_DSM$
    8wty（ジプラシドン〈ziprasidone〉が結合したノルアドレナリントランスポーター）　同PDBsumデータ8wty_XEF$
    8xb2（阻害剤ラダファキシン〈radafaxine〉が結合したノルアドレナリントランスポーター）　同PDBsumデータ8xb2_YNT$
    ニソキセチン（nisoxetine，(S)体） ｜ ノルアドレナリン（noradrenaline）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ニソキセチン（nisoxetine）　　［中・右］同分子が結合したノルアドレナリントランスポーター8yr2のChain AとそのPDBsumデータ


    ノルアドレナリントランスポーター　左端はノルアドレナリン（noradrenaline）結合8hff，右端はデシプラミン（desipramine）結合8hfi，中央はそれぞれのPDBsumデータ


    ジプラシドン（ziprasidone）が結合したノルアドレナリントランスポーター8wtyとそのPDBsumデータ


    阻害剤ラダファキシン（radafaxine）が結合したノルアドレナリントランスポーター8xb2とそのPDBsumデータ


    参考画像：PuzMolによるノルアドレナリン（noradrenaline）
    → 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例｜窒素から見る生命の世界

  3. ナノ粒子化γ-オリザノールによる認知機能改善効果の実証　〜玄米機能成分の摂取が加齢に伴う認知機能低下を防止・改善できる〜（琉球大学，2024/05/30）　※“生体適合性ナノ粒子：株式会社Sentan Pharmaが開発した技術。ポリビニルアルコール（PVA）および乳酸−グリコール酸共重合体（PLGA）を主な成分とする粒子で、薬剤や機能性成分を含有させることを「ナノ粒子化」と呼ぶ”，“γ-オリザノールとは、米糠の脂質に含有される、フェルラ酸とステロールとが縮合したエステル類の総称”。

    γ-オリザノール（γ-oryzanol）
    ［γ-Oryzanol - Wikipedia］
    		γ-オリザノール（γ-oryzanol）
    ※以下参考
    ポリビニルアルコール（PVA）　→ 代表的な高分子
    コレステロール（cholesterol；ステロール代表例）　→ 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝

    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    CPK色　Jmol色　Rasmol色
    　
    背景・黒　灰　白　紺


    γ-オリザノール（γ-oryzanol）

  4. A Gram-negative-selective antibiotic that spares the gut microbiome（Nature，2024/05/29）

    ロラマイシン（lolamicin）
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    CPK色　Jmol色　Rasmol色
    　
    背景・黒　灰　白　紺


    ロラマイシン（lolamicin）

  5. 今月の分子 294:インジェクティソーム（Injectisome）（PDBj，2024/06） [NEW!] ｜ Molecule of the Month（PDB）

    サルモネラ菌のインジェクティソーム（injectisome）7ah9のChain 1A・1F・1G・1K・1Z・2J・5P・6A・7B
    （mmCIF → PDB converterでcif→pdb変換）
    		7ah9のChain 1A・1F・1G・1K・1Z・2J・5P・6A・7B（サルモネラ菌のインジェクティソーム〈injectisome〉）　Met（メチオニン）α炭素ラベル表示 …上掲記事“メチオニンがスムーズに分かれて、細いタンパク質鎖（赤色）が通過できるようになる”より
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    サルモネラ菌のインジェクティソーム（injectisome）7ah9のChain 1A・1F・1G・1K・1Z・2J・5P・6A・7B
    （mmCIF → PDB converterでcif→pdb変換）

  6. オリーブの希少成分「オレアセイン」の抗うつ効果を発見（産総研，2024/06/21） [NEW!]

    オレアセイン（oleacein）
    		オレアセイン（oleacein）
    ※以下参考
    ドーパミン／ドパミン（dopamine）
    セロトニン（serotonin）
    ノルアドレナリン（noradrenaline）
    イブプロフェン（ibuprofen）　→ 抗生物質分子データ集
    1hcf（TrkB-d5とニューロトロフィン-4/5の複合体）　Trp317・Ile334・Leu324・Glu326・Thr332空間充填／α炭素ラベル表示
    4at5（TrkBキナーゼドメイン）　同PDBsumデータ4at5_MUJ$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    オレアセイン（oleacein）

      
    ［左］TrkB-d5とニューロトロフィン-4/5の複合体1hcf（上掲文献中のTrp317・Ile334・Leu324・Glu326・Thr332を球表示）
    ［中・右］TrkBキナーゼドメイン4at5とそのPDBsumデータ

  7. A μ-opioid receptor modulator that works cooperatively with naloxone（Nature，2024/07/03） [NEW!]　※2024/07/17公開PDB 9bjk；2012年ノーベル化学賞受賞のKobilkaらによる

    368とナロキソンが結合したμオピオイド受容体9bjkのChain R
    		9bjkのChain R（368とナロキソンが結合したμオピオイド受容体；Kobilkaらによる，cif→pdbデータ変換）　A1APU（368）選択　同PDBsumデータ9bjk_lp$
    (S)-368
    ※以下参考
    ナロキソン（naloxone）　→ 別トピック
    フェンタニル（fentanyl）　→ 危険ドラッグ
    モルヒネ／モルフィン（morphine）　→ 危険ドラッグ
    μオピオイド受容体の例：7t2hのChain D（ロフェンタニル〈lofentanil〉が結合したμオピオイド受容体；Kobilkaらによる）　同PDBsumデータ7t2hD_lp$

    1hcf（TrkB-d5とニューロトロフィン-4/5の複合体）　Trp317・Ile334・Leu324・Glu326・Thr332空間充填／α炭素ラベル表示
    4at5（TrkBキナーゼドメイン）　同PDBsumデータ4at5_MUJ$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    368とナロキソン（naloxone）が結合（両者で強調して阻害効果）したμオピオイド受容体9bjkのChain RとそのPDBsumデータ

      
    ［左］(S)-368（異性体あり）　［右］ナロキソン（naloxone）


    参考図： オピオイド受容体の主要なクラス例 μ 4dkl，κ 4djh，δ 4ej4，および関連するノシセプチンオピオイド受容体（NOP） 4ea3
    → GPCR - 2012年ノーベル化学賞
    参考：今月の分子 217: オピオイド受容体（Opioid Receptors）（PDBj，2018/01）

  8. 今は失われたタンパク質構造が解き明かす　「RNAポリメラーゼ」と「リボソームタンパク質」の進化的繋がり（早稲田大学，2024/07/19） [NEW!]

    Double-zeta β-barrel （DZBB）構造例，design-2 (Ph1) 8jvpの2量体（Chain A×2）
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    Double-zeta β-barrel （DZBB）構造例，design-2 (Ph1) 8jvpの2量体（Chain A×2）

    8jvpのアミノ酸配列（コンホメーション選択性；αヘリックス・βストランド）　…以下の表はFASTA配列より自作秀丸マクロにより作成
    Gly Pro Met Pro Gly Lys Lys Phe Val Ala Arg Val Ala Glu Ala Arg Ala Glu Asp Val Gly Lys Arg Val Val Ile Ile Pro Lys Ala Glu Arg Ala Lys Val Gly Ile Lys Val Gly Asp Val Val Glu Val Lys Lys Val
    同（I/O値順）
    Gly Pro Met Pro Gly Lys Lys Phe Val Ala Arg Val Ala Glu Ala Arg Ala Glu Asp Val Gly Lys Arg Val Val Ile Ile Pro Lys Ala Glu Arg Ala Lys Val Gly Ile Lys Val Gly Asp Val Val Glu Val Lys Lys Val
    同（ヒトの必須・非必須区別）
    Gly Pro Met Pro Gly Lys Lys Phe Val Ala Arg Val Ala Glu Ala Arg Ala Glu Asp Val Gly Lys Arg Val Val Ile Ile Pro Lys Ala Glu Arg Ala Lys Val Gly Ile Lys Val Gly Asp Val Val Glu Val Lys Lys Val
    必須　 = 24
    準必須 = 4
    非必須 = 20
    　計　 = 48

  9. ずっと効く免疫抑制化合物の発見　−シミュレーションと実験のコラボによる薬効持続の機構解明−（理研，2024/07/19） [NEW!]

    KSI-6666
    		KSI-6666
    ※以下参考（上掲論文引用データ）
    3v2y（スフィンゴシン-1-リン酸受容体1〈S1PR1〉）　同PDBsumデータ3v2y_ML5$　［S1PR1 - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    KSI-6666


    参考データ：スフィンゴシン-1-リン酸受容体1（S1PR1）3v2yとそのPDBsumデータ

  10. 今月の分子 294:ESCRT-III（PDBj，2024/08） [NEW!] ｜ Molecule of the Month（PDB）

    ESCRT-IIIタンパク質6tz4
    （α炭素のみ；mmCIF → PDB converterでcif→pdb変換）
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ESCRT-IIIタンパク質 6tz4（α炭素のみ）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」