Jmolで見るトピックス分子（28-3）

◆ Jmolで見るトピックス分子（28-3） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot⁺ v.2.2で取得したものです。

抗ヘルペスウイルス薬が働く仕組みを原子レベルで解明　実験と計算を組み合わせ、次世代抗ウイルス薬開発への道を開く（大阪大学，2026/04/16） [NEW!]

Structural insights into inhibition mechanism of the helicase-primase complex from human herpesvirus 1（Cell Chemical Biology，2026/04/15） [NEW!]　※2026/04/08公開9ut1（下掲）・9ut3・9ut4・9ut5・9ut6・9ut7
【横浜市立大学】抗ヘルペスウイルス薬が働く仕組みを原子レベルで解明（紀伊民報，2026/04/16） [NEW!]

DNAとアメナメビル（amenamevir）が結合した単純ヘルペスウイルス由来HPC（ヘリケース・プライメース複合体）の構造9ut1のChain A・B・D（cif→pdb変換）
［Amenamevir - Wikipedia］

9ut1のChain A・B・D（DNAとアメナメビルが結合した単純ヘルペスウイルス由来HPC）　同PDBsumデータ9ut1_lp$

バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
ヒトの必須・非必須区別
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

DNAとアメナメビル（amenamevir）が結合した単純ヘルペスウイルス由来HPC（ヘリケース・プライメース複合体）の構造9ut1のChain A・B・DとPDBsumデータ

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

ILE　LEU　VAL　PHE　MET　TRP　LYS　HIS　THR　ARG　ALA　PRO　CYS　TYR　GLY　GLU　GLN　ASP　SER　ASN

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

Discovery of Daraxonrasib (RMC-6236), a Potent and Orally Bioavailable RAS(ON) Multi-selective, Noncovalent Tri-complex Inhibitor for the Treatment of Patients with Multiple RAS-Addicted Cancers（Journal of Medicinal Chemistry，2026/03/08） [NEW!]　※2025/03/19公開9bg0（WT，下掲）・9bg1・9bg2・9bg3・9bg4・9bg5・9bg6・9bg7・9bg8・9bg9（WT）・9bga・9bgb・9bgc・9bgd，WT以外は変異体

ダラクソンラシブ（daraxonrasib）が結合したGTPアーゼNRas・ペプチジルプロリルイソメラーゼAの複合体9bg0のChain A・D（cif→pdb変換）
［Daraxonrasib - Wikipedia］

9bg0のChain A・D（ダラクソンラシブ〈daraxonrasib〉が結合したGTPアーゼNRas・ペプチジルプロリルイソメラーゼAの複合体）　同PDBsumデータ9bg0_lp$
ダラクソンラシブ（daraxonrasib）　I/O = 1.024

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
ヒトの必須・非必須区別
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

ダラクソンラシブ（daraxonrasib）

ダラクソンラシブ（daraxonrasib）が結合したGTPアーゼNRas・ペプチジルプロリルイソメラーゼAの複合体9bg0のChain A・DとPDBsumデータ

雑穀シコクビエが分泌する硝化抑制物質を初めて同定　低窒素条件栽培の雑穀が生み出す新規BNI天然物質を発見（東京科学大学，2026/05/08） [NEW!]

Discovery of Coracanols A and B, Two Biological Nitrification Inhibition Diterpenoids from Finger Millet（Organic Letters，2026/05/09） [NEW!]

コラカノールA（coracanols A）
I = 204, O = 420, I/O = 0.486

空間充填　球棒　スティック　針金　消去
CPK色　Jmol色　Rasmol色
　
背景・黒　灰　白　紺

コラカノールA（coracanols A）

分子科学研究所「分子ポスター」（2026） [NEW!]

初期表示はレムデシビル（remdesivir）
　［Remdesivir - Wikipedia］

タンパク質：アミノ酸20種全表示（有機概念図I/O値順，pdb形式）｜　→ 20種類のアミノ酸
DNA ：DNA部分構造例 ∥ 116d [A-DNA]　→ DNAとRNAのいろいろな姿
ポリエチレン：ポリエチレン（繰り返し単位×10，ねじれ構造の例）　→ 代表的な高分子
MOF ：MOF構造例（MOF-5）　→ 別トピック
二酸化炭素・水：水，メタン，二酸化炭素の同時表示　→ 分子の形と性質
エタノール：　→ アルコールとフェノール
糖鎖：糖鎖に含まれる単糖の例：　Gal（β-D-ガラクトース）｜α-Glc（β-D-グルコース）｜Man（β-D-マンノース）｜Fuc（α-L-フコース））｜Xyl（β-D-キシロース）｜Sia（例として N-アセチルノイラミン酸）｜GalNAc（N-アセチル-D-ガラクトサミン）｜GlcNAc（N-アセチル-D-グルコサミン）｜GlcA（β-D-グルクロン酸）∥以上9分子同時表示　→ 糖タンパク質データ集
有機EL ：ポスターとは異なる有機EL分子例　→ 七員環を有する有機EL用赤色蛍光色素／非平面ジシアノジアゼピン系色素
フラーレンC₆₀ ：C₆₀　→ フラーレン
脂質：リン脂質であるレシチンの例（ジステアロイルレシチン）　→ 生体分子の構成元素
ポルフィリン：　→ テトラピロール - 生物界で見られる4種類のテトラピロール
性ホルモン：テストステロン（testosterone）｜ 17β-エストラジオール（17β-Estradiol；エストロゲン〈estrogen〉の一種）｜テストステロンと17β-エストラジオールの同時表示　［Testosterone - Wikipedia，Estrogen - Wikipedia］　→ 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
レムデシブル三リン酸：レムデシブル三リン酸（remdesivir triphosphate）　→ 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報

バックボーン　二次構造
DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
DNA/RNA選択　同backbone選択

空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　
背景・黒　灰　白　紺

分子科学研究所配布ポスター｜分子ポスターダウンロードページ