阻害剤MRTX1133が結合したM-RAS 9o0qのChain AとPDBsumデータ

    
［左］ヒストンを含むヌクレオソームの構造例1aoi
［中］ヒストンH3.2変異体を含むヒトのヌクレオソーム構造例3av1
［右］Leptospira perolatii由来の細菌ヒストン集合体9qt2の8量体（Chain A・B×4）

6,7-BDTC

シクロサーカディンC（cyclocircadin C）

QT45のAlphaFold3による計算構造例

抗がん化合物CBL0137が結合したZ型DNA 9vzw のModel 1とPDBsumデータ

参考画像：A-DNA，B-DNA，Z-DNA
→ DNAとRNAのいろいろな姿

初期表示はヒトのシンシチン-1（syncytin-1，PDBデータ6rx1；p.146ほか）

バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 　 　　 背景・黒　灰　白　紺

p.24ほか　ガンマ-アミノ酪酸（GABA）：γ-アミノ酪酸（γ-aminobutyric acid，GABA）　→ 20種類のアミノ酸 p.25ほか　ドーパミン：ドーパミン（ドパミン，dopamine）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質 p.26ほか　L-チロシン：L-チロシン（L-tyrosine）　→ 20種類のアミノ酸 ｜ p.25・26ほか　エルドパ（L-dopa）：L-ドーパ（L-DOPA）　→ 分子モデルで見るノーベル賞 ｜ p.26ほか　ドーパミン：ドーパミン（ドパミン，dopamine） ｜ p.26ほか　ノルアドレナリン：ノルアドレナリン（noradrenaline）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質 ｜ p.70ほか　セロトニン：セロトニン（serotonin）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質 p.28ほか　テストステロン：テストステロン（testosterone）　→ 性ホルモン p.39ほか　セルロース：セルロース ｜ グルコース環×4〔セロビオース単位（繰り返し単位）×2〕　→ 代表的な高分子 p.44　ミモシン：L-ミモシン（L-mimosine） p.54　ジゴキシン：ジゴキシン（digoxin） p.58　インドール：インドール（indole） → 悪臭の正体 p.74　TGR5：TGR5構造例7bw0のChain R（胆汁酸受容体1，GPCR19） → GPCR - 2012年ノーベル化学賞 p.85　GTPアーゼ：2mscのModel 1（脂質二重膜ナノディスクに結合したGTPアーゼKRas）　→ Jmolトピック p.85　SNAREタンパク質：1sfc（SNARE複合体）　同Chain A-D　→ 分子モデルで見るノーベル賞 p.103　S-アデノシルメチオニン（SAM）：7mjw（tRNAが結合したラジカルSAM酵素MiaB）　→ Jmolトピック p.131　ヘモグロビン：1hho（ヒトのオキシヘモグロビン）　 同Chain A（ヘモグロビンα）　　→ ヘモグロビン p.131　NADH：NADH p.144　Oct4：1gt0（Oct4・Sox2・DNA 複合体） → Oct1/Sox2/DNA 複合体 p.146ほか　シンシチン：6rx1（ヒトのsyncytin-1） p.167　オルセイユ：オルセイン（orcein，別名 オルセイユ） p.203　チューブワーム：チューブワーム由来ヘモグロビン1yhu（左）とヒトのヘモグロビン1hho（オキシヘモグロビン，4量体；右）の大きさ比べ　→ チューブワーム関連データのSITE例 p.208　エピジェネティクス：PDBデータ 4lka（ヒストンアセチルトランスフェラーゼとヒストンH3〈H3K9ac含む〉）　ALY（アセチルリシン）選択 → Jmolトピック （今後も適宜追加します）

  
p.54ほか パターン認識受容体（PRR）のTLR構造例
［左］フラジェリン結合TLR4例5ijd　［右］リポ多糖結合TLR5例3j0a
→ Toll様受容体

p.76ほか 光合成関連図 → 光合成に関係する生体分子のSITE

p.130 ニトロゲナーゼ構造例1n2c

p.131 MAPK構造例7w5o

  
p.131 ヘモグロビン
［左］ヒトのオキシヘモグロビン1hho
［右］ヒトのデオキシヘモグロビン2hhbの 川上モデル

p.131 NADH

p.131 RuBisCO構造例1geh（古細菌ルビスコ）

ヒトのシンシチン-1（syncytin-1；p.146ほか）構造例6rx1

    
p.198ほか 細胞性粘菌／ホコリカビ
［左］粘菌Physarum polycephalumのアクチン-フラグミンキナーゼ1cjaのChain A
［中・左］「科学発信!! Hakodate」での高木清二さん（2010年イグ・ノーベル賞受賞）と展示の粘菌

p.203ほか チューブワーム
チューブワーム由来ヘモグロビン（左）とヒトのオキシヘモグロビン1hho（4量体；右）の大きさ比べ

p.167　オルセイユ（別名オルセイン，orcein）

ビタミンB₁₂（シアノコバラミン，cyanocobalamin）が結合した光応答型転写調節因子CarH 9s0jのChain AとPDBsumデータ

  
ビタミンB₁₂ほか4種類のテトラピロールとその川上モデル
→ 窒素から見る生命の世界 ｜ 川上モデル