Jmolで見るトピックス分子（28-1）

◆ Jmolで見るトピックス分子（28-1） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot⁺ v.2.2で取得したものです。

Structure of SHOC2-KRAS-PP1C complex reveals RAS isoform-specific derminants and insights into targeting complex assembly by RAS inhibitors（Nature Communications，2026/01/10） [NEW!]　※2026/01/21公開9o0n・9o0o・9o0p・9o0q（下掲）・9o65

Rasタンパク質

阻害剤MRTX1133が結合したM-RAS 9o0qのChain A
［MRAS - Wikipedia，MRTX1133 - Wikipedia］

9o0qのChain A（阻害剤MRTX1133が結合したM-RAS）　同PDBsumデータ9o0q_6IC$

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
ヒトの必須・非必須区別
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

阻害剤MRTX1133が結合したM-RAS 9o0qのChain AとPDBsumデータ

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

ILE　LEU　VAL　PHE　MET　TRP　LYS　HIS　THR　ARG　ALA　PRO　CYS　TYR　GLY　GLU　GLN　ASP　SER　ASN

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

今月の分子 314: 生命の樹におけるヒストン（Histones Across the Tree of Life）（PDBj，2026/02）｜ Molecule of the Month（PDB） [NEW!]　※PDBデータ1aoi（下掲）・5t5k・8fw7・9ezz・9f0e・9qt1・9qt2（下掲）紹介

別トピック（本サイト）[1]・[2]・[3]（ヒストン脱アセチル化酵素）

ヒストンを含むヌクレオソームの構造例（真核生物）1aoi

1aoi（真核生物のヒストンを含むヌクレオソーム）
9qt2の8量体（Chain A・B×4；Leptospira perolatii由来の細菌ヒストン集合体）
※上掲記事掲載外のヒストン構造例：3av1（ヒストンH3.2変異体を含むヒトのヌクレオソーム）　→ 別トピック

バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　DNA/RNA（ATGCU，backbone）　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
ヒトの必須・非必須区別
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

［左］ヒストンを含むヌクレオソームの構造例1aoi
［中］ヒストンH3.2変異体を含むヒトのヌクレオソーム構造例3av1
［右］Leptospira perolatii由来の細菌ヒストン集合体9qt2の8量体（Chain A・B×4）

「折れ曲がった」π骨格分子が切り拓く刺激応答性発光　－すり潰すと色が変わる新規クマリン色素材料を開発－（北里大学，2026/02/02） [NEW!]

A folded mechanochromic organic fluorophore based on thianthrene-fused coumarin（Chemical Communications，2025/12/10） [NEW!]

6,7-BDTC
I = 177, O = 380, I/O = 0.466

6,7-BDTC　I/O = 0.466
クマリン（coumarin）　I/O = 0.622　→ 香りの分子事典

空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
CPK色　Jmol色　Rasmol色
　
背景・黒　灰　白　紺

6,7-BDTC

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」