Jmolで見るトピックス分子（28-5）

◆ Jmolで見るトピックス分子（28-5） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot⁺ v.2.2で取得したものです。

Reimagining productive chemical space for RNA recognition beyond aromaticity（bioRxiv，2026/08/11）　※2026/09/16公開37cm・37cn・37co・37cp・37cq・37cr（下掲）

水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン（本サイト，シアノコバラミン掲載）

コバラミン誘導体が結合したRNA（76-mer） 37crのChain A

37cr（コバラミン誘導体が結合したRNA〈76-mer〉）　同PDBsumデータ37cr_lp$
※参考：シアノコバラミン（cyanocobalamin，ビタミンB₁₂）

バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
ヒトの必須・非必須区別
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

コバラミン誘導体が結合したRNA（76-mer）37crのChain AとPDBsumデータ

参考データ：［左］シアノコバラミン（cyanocobalamin，ビタミンB₁₂）
［右］cyanocobalaminを含む4種類のテトラピロール　→ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

ILE　LEU　VAL　PHE　MET　TRP　LYS　HIS　THR　ARG　ALA　PRO　CYS　TYR　GLY　GLU　GLN　ASP　SER　ASN

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

EPPおよびXLPの治療薬として開発中のMT-7117（デルシメラゴン）についてFDAによる承認申請受理および譲渡契約の完了のお知らせ（田辺ファーマ，2026/09/18）

デルシメラゴン（dersimelagon，MT-7117）
I = 555, O = 740, I/O = 0.750

空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
CPK色　Jmol色　Rasmol色
　
背景・黒　灰　白　紺

EPP/XLP薬デルシメラゴン（dersimelagon，MT-7117）

Molecular architecture responsible for specific inhibition of oncogenic PI3Kα mutants by RLY-2608 and STX-478（Acta Pharmaceutica Sinica B，2026/09/01）　※2026/09/23公開9xqj・9xw2・9xvy・9xw5（下掲）・9xw8・9xw7

話題の制がん剤・抗がん剤（本サイト）

阻害剤STX-47が結合したPI3Kα（H1047R変異体）9xw5

9xw5（阻害剤STX-47が結合したH1047R変異発がん性PI3Kα）　同PDBsumデータ9xw5_lp$

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
ヒトの必須・非必須区別
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

阻害剤STX-47が結合したPI3Kα（H1047R変異体）9xw5とPDBsumデータ

デュシェンヌ型筋ジストロフィー治療薬givinostatの国内開発計画に関するお知らせ（JCRファーマ，2026/07/15）

デュシェンヌ型筋ジストロフィー治療薬「givinostat」　厚労省が希少疾病用医薬品指定　JCRファーマ（時事通信，2026/09/28）
KEGG DRUG: ギビノスタット
下掲PDBデータの論文
- Structural Basis of Catalysis and Inhibition of HDAC6 CD1, the Enigmatic Catalytic Domain of Histone Deacetylase 6（Biochemistry，2019/11/22）　※2019/12/04公開6uo2・6uo3・6uo4・6uo5・6uo7・6uob・6uoC（下掲）
話題の制がん剤・抗がん剤（本サイト）｜別トピック（先天性筋ジストロフィー症）

ギビノスタット（givinostat）
I = 575, O = 480, I/O = 1.198

ギビノスタット（givinostat）　I/O = 1.198
※ギビノスタット結合タンパク質：6uoc（ヒストン脱アセチル化酵素6〈HDAC6〉）　同PDBsumデータ6uoc_lp$　［HDAC6 - Wikipedia］

［左］ギビノスタット（givinostat）
［中・右］同分子が結合したヒストン脱アセチル化酵素6（HDAC6）6uocとPDBsumデータ

高速原子間力顕微鏡が捉えた乳癌治療薬フルベストラントの新たな作用　エストロゲン受容体の「かたち」と「動き」の変化を可視化（九州大学，2026/09/29）

High-Speed Atomic Force Microscopy Reveals Single-Molecule Dynamics of Fulvestrant-Bound Estrogen Receptor α（The Journal of Physical Chemistry Letters，2026/09/04）　※“This value is close to the shortest dimension of a single folded LBD (PDB 1ERE; per-subunit ca. 5.5 × 4 × 3.5 nm) and well below the smallest dimension of the LBD dimer, indicating that both species present the thickness of a single folded layer on the surface, with the dimer flattened and extended laterally rather than standing vertically.”のPDB 1EREを以下に再掲
別トピック（本サイト，乳癌関連）｜分子の重ね合わせ(1)／エストラジオールとDES，テストステロン（PDB 1EREほか）

フルベストラント（fulvestrant）
I = 410, O = 705, I/O = 0.582

フルベストラント（fulvestrant）　I/O = 0.635
※フルベストラント結合タンパク質：4j03（フルベストラントが結合した可溶性エポキシドヒドロラーゼ）　同PDBsumデータ4j03_lp$
※上掲論文のPDB 1ERE：1ereのChain A（17β-エストラジオールが結合したエストロゲン受容体）　同PDBsumデータ 1ere_EST$

フルベストラント（fulvestrant）

フルベストラントが結合した可溶性エポキシドヒドロラーゼ4j03とPDBsumデータ

17β-エストラジオールが結合したエストロゲン受容体1ereのChain AとPDBsumデータ
　→ 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝

Nobel Prize in Chemistry 2026（NobelPrize.org）｜ Popular information

初期表示はCompound 1
I = 250，O = 250，I/O = 1.000

Compound 1　I = 250，O = 250，I/O = 1.000　…[2]ほか
Compound 2　I = 320，O = 290，I/O = 1.103　…[1]ほか
エファビレンツ（efavirenz）
（）
(S)-サリドマイド（(S)-thalidomide）｜ (R)-サリドマイド（(R)-thalidomide）｜両分子同時表示#　→ 別トピック｜参考：5yizのChain A（ラセミ体由来の(S)-サリドマイドが結合したセレブロン#）　EF2（(S)-サリドマイド）選択　同PDBsumデータ5yiz_EF2[501(A)]$
(2R,3R)-(+)-酒石酸〔L-酒石酸〕｜ (2S,3S)-(-)-酒石酸〔D-酒石酸〕　→ 酒石酸で見る鏡像異性体　…放送大学「分子の科学」より（担当の時田澄男さんからデータ提供）
（）
アミノ酸20種全表示（有機概念図I/O値順，pdb形式）｜　　→ タンパク質中の20種類のアミノ酸

［左］Compound 1　…[2]ほか
［右］Compound 2　…[1]ほか

(S)-サリドマイドと(R)-サリドマイドの同時表示　…[3]

エファビレンツ（efavirenz）　…[3]　→ HIVとエイズ

タンパク質中の20種類のアミノ酸

左水晶と右水晶　→ 左水晶と右水晶のキラリティー

名古屋大学特別教授、岡崎恒子先生ご逝去 - 藤田医科大学（藤田医科大学，2026/10/10）

初期表示は岡崎フラグメント構造例1gtc
［Okazaki fragment - Wikipedia］

PDBデータ 1gtcのModel 1（DNA-RNAハイブリッド，岡崎フラグメント；重複座標データ削除）　RNA選択
9nys（岡崎フラグメントが結合したDNAリガーゼ1）　［DNA ligase 1 - Wikipedia］

バックボーン　二次構造
DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
DNA/RNA選択　同backbone選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　
背景・黒　灰　白　紺

［左］岡崎フラグメント構造例9nys
［右］岡崎フラグメントが結合したDNAリガーゼ1 9nys

Switching ATP-Forming Phosphoryl-Transfer Chemistry With a Restricted Set of Amino Acids（Angewandte Chemie International Edition，2026/09/01）

Arc1-12KRの構造（上掲論文提供データanie75062-sup-0005-SuppMat.pdbから抽出）

9xw5（上掲論文提供データanie75062-sup-0005-SuppMat.pdbから抽出したArc1-12KRの構造） [1]　Asp115選択
9xw52dy9のChain A [2]　His124選択　同PDBsumデータ2dy9_lp$

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）　ヒスチジン選択（[1]には含まれず）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
ヒトの必須・非必須区別
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

［左］上掲論文提供データanie75062-sup-0005-SuppMat.pdbから抽出したArc1-12KRの構造（ヒスチジン含まない；触媒はAsp115）
［中・右］好熱性古細菌由来NDKの結晶構造PDB 2DY9のChain A（触媒はHis124）とPDBsumデータ

［左］Arc1-12KRとPDB のChain AのPyMOLによる重ね合わせ画像
［右］anie75062-sup-0005-SuppMat.pdbの全体構造（周囲の水中に塩化ナトリウム〈Na⁺とCl^-〉が溶解）

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」