◆ Jmolで見るトピックス分子(28-5) ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。


  1. Reimagining productive chemical space for RNA recognition beyond aromaticity(bioRxiv,2026/08/11) [NEW!] ※2026/09/16公開37cm・37cn・37co・37cp・37cq・37cr(下掲)

    コバラミン誘導体が結合したRNA(76-mer) 37crのChain A
    37cr(コバラミン誘導体が結合したRNA〈76-mer〉) 同PDBsumデータ37cr_lp$
    ※参考:シアノコバラミン(cyanocobalamin,ビタミンB12)
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCU,backbone)
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    コバラミン誘導体が結合したRNA(76-mer)37crのChain AとPDBsumデータ

      
    参考データ:[左]シアノコバラミン(cyanocobalamin,ビタミンB12)
    [右]cyanocobalaminを含む4種類のテトラピロール → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン



    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 | Log Pをポケットに!


  2. EPPおよびXLPの治療薬として開発中のMT-7117(デルシメラゴン)についてFDAによる承認申請受理および譲渡契約の完了のお知らせ(田辺ファーマ,2026/09/18) [NEW!]

    デルシメラゴン(dersimelagon,MT-7117)
    I = 555, O = 740, I/O = 0.750
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 紺


    EPP/XLP薬デルシメラゴン(dersimelagon,MT-7117)


  3. Molecular architecture responsible for specific inhibition of oncogenic PI3Kα mutants by RLY-2608 and STX-478(Acta Pharmaceutica Sinica B,2026/09/01) [NEW!] ※2026/09/23公開9xqj・9xw2・9xvy・9xw5(下掲)・9xw8・9xw7

    阻害剤STX-47が結合したPI3Kα(H1047R変異体)9xw5
    9xw5(阻害剤STX-47が結合したH1047R変異発がん性PI3Kα) 同PDBsumデータ9xw5_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    阻害剤STX-47が結合したPI3Kα(H1047R変異体)9xw5とPDBsumデータ


「生活環境化学の部屋」ホームページ | Jmol版「分子の学習帳」