ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。


C8-ACLが結合したAclAの構造9egcのChain AとPDBsumデータ

同サイトデータ例 MOF-5

[左]MOF構造例(ZIF-8,部分構造)
[中・右]MOF構造例(MOF-5;Interactive 3D Chemistry Animations — ChemTube3D掲載データ例)
※参考構造(空隙構造をもつゼオライト〈zeolite〉部分構造例:Interactive 3D Chemistry Animations — ChemTube3D掲載データから)

※参考(通常の結晶構造例)
左から 各種結晶構造等の川上モデル,塩化ナトリウム(sodium chloride,NaCl),金(Au)・銀(Ag)・銅(Cu)の結晶構造同時表示
後2者については → 別トピック
I = 690, O = 560, I/O = 1.232

[右]DFMO [左]プロスタグランジンE2(PEG2)

※参考:[左・中]PEG2結合EP4受容体例7d7mとPDBsumデータ(右側は別研究;鍵と鍵穴模型参照)
[右]ニボルマブ(商品名 オプジーボ)のFabが結合したPD-1 5ggr → 別トピック
I = 1280, O = 640, I/O = 2.000
[Elamipretide - Wikipedia]

エラミプレチド(elamipretide)

LGR4/RSPO2/ZNRF3複合体9kb9
I = 210, O = 130, I/O = 1.615

ジフルオロメチルオルニチン(difluoromethylornithine;DFMO)


左から DFMO(部分構造)が結合したオルニチンデカルボキシラーゼ2todのChain A・BとPDBsumデータ,
DFMOが結合したアルギナーゼ3gn0のChain AとPDBsumデータ
I = 227, O = 460, I/O = 0.493
[Rotenone - Wikipedia]

左から ロテノン(rotenone),パラコート(パラクアット,paraquat),
トリクロロエチレン(trichloroethylene,TCE),p,p'-DDT

ロテノン(rotenone)が結合したミトコンドリア複合体I 7vyfのChain C・QとPDBsumデータ
I = 880, O = 220, I/O = 4.000
[N-Acetylneuraminic acid - Wikipedia]

左から N-アセチルノイラミン酸(N-acetylneuraminic acid;Neu5Ac),
デナトニウム(denatonium),チモール(thymol)

シアル酸が結合したA型インフルエンザウイルス(N9)のノイラミニダーゼ2c4aのChain AとPDBsumデータ

タコの走化性受容体CRT1 8eisとイカの化学触覚受容体CRT1 8eiz(デナトニウム〈denatonium〉結合),およびそれぞれのPDBsumデータ
I = 165, O = 180, I/O = 0.917
[Phenylpropanoic acid - Wikipedia]

蘭奢待の香り成分例(左から) 3-フェニルプロピオン酸(3-phenylpropionic acid),
α-ピネン(α-pinene;ラブダナムの成分例),
バニリン(vanillin;バニラの香り成分例)
I = 280, O = 405, I/O = 0.691
[Midazolam - Wikipedia]


左から ミダゾラム(midazolam),同分子結合BRD4の構造3u5kのChain AとPDBsumデータ